도립 츠츠지다이 고교. 방과후 교실에서 히비키 유타는 기억 속에 있을 터인 그리드맨을 노트에 몇번이나 그리고 지웠다. 일찍이 이 세계는 한 소녀에 의해서 만들어지고 파괴되었다. 그 소녀의 마음을 구한 것은 다른 차원에서 온 하이퍼 에이전트인 그리드맨, 그녀가 만들었던 마음을 가진 괴물, 그리고 유타 일행. 2학년으로 진급해 릿카와 다른 반이 된 유타는 고백을 결심한다. 그런 평화로운 세상에서 보내는 이들의 일상은 굉음과 함께 무너지기 시작했다. 유타에게 찾아오는 위기의 와중에 갑자기 나타난 그리드맨이 말을 건넨다. "이 세계의 밸런스가 깨지고 있다." 이윽고 진홍의 강룡 다이나렉스나 그리드맨의 협력자인 신세기 중학생, 그리고 다른 세계의 거주자 아사나카 요모기 일행들도 유타 앞에 차례차례 나타난다. 릿카에 대한 마음을 간직한 채 유타의 비일상이 시작된다!