홋카이도 몬베츠의 공사 현장에서 거대한 화석이 발견되었다. 현장 감독인 고토 유이치는 화석에 붙어 있던 문장을 딸 와카바의 기념품으로 가져갔다. 그러나 그것은 옛날에 요정 엘리아스 일행이 우주 괴수 데스기도라를 봉인해 둔 것이었다. 봉인이 풀렸다는 것을 알게 된 인판트섬의 몰과 로라는 데스기도라의 부활을 막기 위해 일본으로 향했다. 한편, 그들의 언니이자 마녀인 벨베라 또한 데스기도라를 자신의 부하로 만들기 위해 졸개 갈갈을 대동하고 일본을 향했다. 와카바가 문장을 갖고 있다는 것을 알게 된 몰 등은 여동생 와카바와 어머니 마키코를 지키기 위해 큰 나무의 용기와 지혜를 빌리며 노력했지만, 벌써 와 있던 벨베라와의 전투에서 패배했다. 공사 현장으로 향한 벨베라를 뒤쫓아 요정들은 고토 가족과 함께 홋카이도로 날아갔다. 하지만 이미 늦었고, 벨베라에 의해 데스기도라가 부활했던 것이다. 데스기도라를 물리칠 수 있는 건 수호신 모스라밖에 없다고 생각한 몰과 로라는 인판트섬에서 모스라를 불러왔다. 그러나 갓 알을 낳은 모스라는 거친 데스기도라 앞에서 큰 고생을 했다. 그때 몰과 로라는 멀리 떨어진 인판트섬에서 알이 부화하는 것을 느꼈다. 갓 태어난 모스라 유충이 어미 모스라를 도우려 바다를 건너오고 있었던 것이다. 일본에 도착한 모스라 유충은 어미의 위기를 구하기 위해 과감히 데스기도라를 향해갔다. 하지만 아직 성장하지 않은 유충은 데스기도라의 상대가 되지 못했다. 유충을 감쌌던 어미 모스라는 목숨을 잃었다. 유충 모스라는 야쿠시마에서 번데기를 틀고 성체로 성장했다. 데스기도라 또한 성장하여 두 마리는 더욱 격렬한 전투를 벌였지만, 모스라의 힘을 믿는 몰과 로라, 그리고 지구의 평화를 바라는 고토 가족의 기도가 통해 모스라는 데스기도라를 물리칠 수 있었다. 벨베라로부터 문장을 되찾은 몰과 로라는 다시 땅속 깊이 데스기도라를 봉인했다. 모스라는 전투로 폐허가 된 대지에 생기를 되살리고, 몰과 로라와 함께 인판트섬으로 돌아갔다.