고대 이집트에서 신으로 숭배받았던 최초의 돌연변이 아포칼립스가 오랜 잠에서 깨어난다. 초능력을 흡수해가며 수천년을 살아온 아포칼립스는 스톰, 사일록, 아크엔젤 그리고 매그니토에게 자신의 힘을 나누어준 뒤, 그들과 함께 현재의 세상을 뒤엎고 새로운 세상을 건설하려 한다. 찰스 자비에와 미스틱은 아포칼립스의 지구 종말 계획을 알아채고, 진 그레이, 사이클롭스, 퀵 실버, 나이트크롤러 등 젊은 돌연변이들과 함께 아포칼립스에 대항한다.

유대인 에릭과 유전공학 박사가 된 찰스는 각기 다른 이유로 악당 세바스찬 쇼우를 쫓다가 만난다. CIA 요원 모이라 맥타것과 손잡고 돌연변이 부서를 설립한 두 사람은 찰스의 양동생이자 이후에 미스틱이 되는 레이븐k 천재 박사이자 비스트로 변신하는 행크 맥코이 등 젊은 엑스맨들을 모아서 훈련을 시작한다. 한편 에릭의 원수인 세바스찬 쇼우는 엠마 프로스트를 비롯한 돌연변이들을 무기로 미국과 소비에트간의 핵전쟁을 도발하려 한다.

유전자 변이로 태어나 비범한 감각과 능력을 가진 엑스맨들은 인간들로부터 경원당한다. 돌연변이 등록 법안이 추진되는 등 적대감이 고조되자 친구 사이였던 돌연변이 지도자 찰스 자비에 교수와 매그니토는 상반된 방법으로 대응에 나선다. 자비에가 엑스 맨들의 초능력으로 인류를 보호하고 공존하려고 애쓰는 반면 폭력을 택한 매그니토는 등록 법안을 추진하는 상원의원 켈리를 납치해 UN 회담 현장에서 세계 정상들을 돌연변이로 만들려는 계획을 시작한다. 자기의 초능력을 발견하고 가출한 소녀 로그는 기억을 상실한 전사 울버린을 만나 사비에 교수의 엑스맨 군단에 합류한다.

포드 브로디는 어렸을 때에 일본 내 원자력 발전소에서 방사능 피폭사고로 어머니를 잃는다. 15년 후 포드의 아버지 조는 사고의 원인이 자연재해가 아닌 다른 것이라고 믿고 계속해서 조사를 하지만 금지구역에 들어갔다가 결국 포드와 함께 붙잡히게 된다. 비밀 연구소로 옮겨진 그들은 정부가 감추고 있던 괴생명체의 고치를 보게 되고, 때마침 고치에서 부화한 무토는 그곳을 빠져나가 인간들의 도시를 파괴하며 난동을 부리기 시작한다. 한편 무토가 뿜어내는 신호를 듣고 거대한 괴수가 쓰나미를 일으키며 나타나는데...

스파이더맨의 삶에 완전히 적응한 피터 파커는 거미줄로 뉴욕을 활강하며 위험에 처한 시민들을 구해주고 사랑하는 연인 그웬과 데이트를 즐기며 행복하게 살아간다. 그러던 어느 날, 스파이더맨의 열렬한 팬이자 오스코프사의 전기 엔지니어인 맥스는 작업 중 치명적인 사고로 자신에게 엄청난 능력이 생긴 것을 발견한다. 하지만 이 능력으로 인해 뉴욕을 마비시킨 대규모 정전사태가 발생하고 사태를 해결하기 위해 나선 자신의 영웅 스파이더맨에게 공격을 당하자 배신감을 느끼고 분노하는데...

스티브 로저스는 외계의 뉴욕 침공 사건이 있은 뒤 워싱턴에서 쉴드 요원으로 살아가고 있다. 납치된 쉴드의 함선을 구출하는 작전을 펼치던 중 스티브는 닉 퓨리 국장과 블랙 위도우가 쉴드의 정보를 무단으로 수집하고 있다는 것을 알게 된다. 그리고 얼마 뒤 닉 퓨리는 윈터 솔져의 공격으로 눈을 감는다. 블랙 위도우와 함께 닉 퓨리가 남긴 USB를 분석하며 진실을 추적하던 스티브는 적이 쉴드 내부에 존재한다는 사실을 알게 된다. 설상가상 윈터 솔져가 캡틴 아메리카의 단짝 친구 버키라는 사실이 드러나는데...

돌연변이성 장관인 엑스맨 출신 비스트는, 제약 재벌 워렌 워딩턴 2세가 돌연변이 유전자를 영구히 제거하는 신약을 개발했으며 이를 빼내려던 매그니토의 오른팔 미스틱이 체포됐다는 보고를 받는다. 알칼리 호수에서 사라져 죽은 줄로만 알았던 진 그레이가 회생하여 돌아오고 자비에는 그녀의 숨겨진 이중자아 피닉스의 부활을 예감, 위험을 경고한다. 모든 상황을 인내해야 한다고 주장하는 엑스맨의 리더 자비에 교수와 적자생존의 법칙을 신봉하는 매그니토의 대립된 의견이 시험대에 오르고, 이는 세상의 모든 전쟁을 잠재울 최후의 전쟁으로 이어진다.

가까운 미래, 미믹이라 불리는 외계 종족의 침략으로 인류는 멸망 위기를 맞는다. 전투를 치른 경험이 한번도 없는 군 공보관 소속 빌 케이지 소령은 전쟁터에 가서 군 홍보 영상을 찍어오라는 4성 장군의 명령을 거절한다. 그 죄로 자살 특공대에 투입된다. 하지만 불가능한 일이 일어난다. 그가 다시 그 끔찍한 날이 시작된 시간에 다시 깨어나 다시 전투에 참여하게 되고 다시 죽었다가 또 다시 살아나는 것. 다시 작전에 참여해 죽었다가 눈을 뜨기를 반복하면서 그는 자신이 외계인과의 접촉으로 같은 시간대를 반복해서 겪게 되는타임루프에 빠졌다는 사실을 알게 된다.

사랑하는 사람들을 모두 잃고 혼자 남겨진 고통으로 괴로워하는 울버린. 어느 날 영원불멸의 삶을 버리고 유한한 삶을 얻을 수 있는 일생일대의 기회를 제안 받는다. 처음으로 스스로의 약한 모습을 느낀 울버린은 극한의 상황에서 치명적인 적들과 대적하게 되고, 이제껏 본 적 없는 가장 강력하고 위험한 존재로 거듭나게 되는데!

자칭 전설의 무법자 스타로드, 그러나 현실은 우주를 떠도는 그저그런 좀도둑에 불과한 피터 퀼은 무엇인지도 모른 채 오브를 훔쳤다가 생고생의 길로 접어든다. 값나가는 유물인 줄 알았던 오브가 실은 어마어마한 힘을 지닌 인피니티 스톤이었던 것. 뜻하지 않게 갤럭시의 절대악 타노스와 로난의 타겟이 된 그는 감옥에서 만난 암살자 가모라, 거구의 파이터 드랙스, 현상금 사냥꾼 로켓과 그루트 콤비와 불편한 동맹을 맺고 일명 가디언즈 오브 갤럭시를 결성하는데...

어린 시절 뜻하지 않은 사고로 아버지를 잃고 죄책감에 빠진 울버린은 형 세이버투스와 함께 도피 생활을 하던 중 군인의 신분으로 전쟁터를 전전하다 스트라이커 대령의 팀원이 되어 활약한다. 끝모를 살육의 임무를 수행하면서 회의감에 빠진 울버린은 형의 반대에도 자신의 길을 찾아 떠난다. 세월이 지난 뒤 숨어서 살던 울버린에게 스트라이커 대령이 찾아와 누군가가 노린다며 경고를 한다. 결국 사랑하는 애인까지 잃은 울버린은 복수를 위해 자신의 육체를 스트라이커 대령에게 맡기고 실험을 거쳐 웨폰 X로 태어난다.

인간과의 공존을 꿈꾼 순수한 요정 말레피센트는 인간 스테판과 사랑에 빠진다. 하지만 권력을 탐한 스테판은 말레피센트를 희생시켜 왕관을 차지하고 그 일로 말레피센트는 인간을 미워하게 된다. 사나워진 그녀의 곁에 머무는 유일한 친구는 수족 같은 까마귀 디아발뿐이다. 그사이 스테판 왕은 인간 여자와 혼인해 오로라를 낳는다. 말레피센트는 스테판 왕에 대한 복수로 오로라에게 저주를 걸지만, 예기치 않게 그 저주로 인해 그녀는 오로라와 더 깊은 연을 맺게 되는데...

백악관의 대통령 집무실에 괴한이 침입한다. 인간의 눈에 포착되지 않을 만큼 빠른 움직임, 경호원들이 속수무책으로 당하고 괴한은 돌연변이 구호가 새겨진 단도를 남겨둔 채 사라진다. 암살기도가 있고 난 뒤 돌연변이에 대한 비난여론이 거세지는 가운데 돌연변이 전문가 스트라이커는 문제의 진원지로 사비에 영재학교를 지목하고 나선다. 한편 자비에 교수는 대통령 암살미수사건 이면에 정치적 음모가 있음을 간파하고 암살자를 추적, 스톰과 진을 급파하는 한편 사건의 단서를 얻기 위해 매그니토를 찾아간다.

천재 공학도 테디가 개발한 힐링로봇 베이맥스. 테디의 동생이자 로봇 전문가인 히로는 도시가 파괴될 위기에 처하자 베이맥스를 슈퍼히어로로 업그레이드 하는데... 과연 이들은 도시의 위험을 막아낼 수 있을까?

시카고에서 벌어진 오토봇과 디셉티콘의 전투로 인해 수많은 사상자가 발생하고 도시가 처참하게 파괴되자 정부는 일부 오토봇을 제외한 트랜스포머에 대해 체포령을 내린다. 시카고 사태, 5년 후 대부분의 디셉티콘이 처벌되고 오토봇 역시 모습을 감춘 상황, 엔지니어 케이드 예거는 우연히 폐기 직전 고물차로 변해있던 옵티머스 프라임을 깨우게 된다. 그리고 그의 생존이 알려지자 옵티머스 프라임을 노리고 있던 어둠의 세력 역시 모습을 드러내기 시작한다. 전세계를 새로운 위협에 몰아넣을 거대한 음모, 사상 최대 가장 강력한 적에 맞서 옵티머스 프라임과 오토봇 군단은 목숨을 건 대결에 나서는데...

특수부대 요원 출신의 용병 웨이드 윌슨은 취향과 장난기마저 똑 닮은 바네사를 만나 행복한 나날을 보낸다. 하지만 행복은 광고처럼 짧은 법. 말기 암 선고를 받은 웨이드는 비밀 임상실험에 참여하며 재기를 노린다. 극한의 고문으로 이뤄진 실험 후 웨이드는 암을 치료할뿐더러 무한한 재생 능력을 얻으며 불사의 존재가 된다. 하지만 동시에 부작용으로 호러영화에 어울릴 법한 외양을 갖는다. 스스로 슈트까지 지어 입고 데드풀이 된 웨이드는 자신을 고문한 자를 찾아 제대로 복수한 뒤 당당히 바네사 앞에 나서려 한다.

어린 시절 비극적 교통사고로 능력을 알게 된 진 그레이는 자비에 영재학교에서 새로운 가족을 맞이하게 된다. 엄청난 잠재능력을 지닌 그녀는 엑스맨으로 성장해 우주에서 구조 임무를 수행하던 중 목숨을 잃을 뻔한 사고를 겪고, 폭주하는 힘과 억눌려왔던 어둠에 눈을 뜨게 된 그녀는 엑스맨의 가장 강력하고 파괴적인 적, 다크 피닉스로 변하게 된다. 프로페서 X는 물론 매그니토까지 능가하는 두려운 존재가 된 그녀 앞에 힘을 이용하려는 미스터리한 외계 존재가 나타나 그녀를 뒤흔들고, 엑스맨은 사랑하는 친구이자 가장 강력한 적이 된 다크 피닉스와 맞서야 하는데...

가까운 미래 시카고, 잦은 전쟁과 자연재해로 폐허가 된 도시에서 인류는 하나의 사회, 다섯개의 분파로 나뉘어 자신이 속한 분파의 행동규범을 절대적으로 따르며 철저히 통제된 세상에 살게 된다. ‘핏줄보다 분파’가 중요한 사회에서 모든 구성원은 열여섯 살이 되면 평생 살아갈 분파를 결정하기 위해 테스트를 치르게 되고, 그 중 어느 분파에도 속하지 않아 금기시 되는 존재 ‘다이버전트’로 판정 받는 소녀 ‘트리스’가 나타난다. 정부에서 개발한 감각 통제 시스템으로 통제할 수 없는 강한 의지를 지닌 ‘다이버전트’. 그들을 둘러싼 거대한 음모와 배신, 숨겨진 어두운 비밀이 밝혀지며 모든 사람들이 지금까지 믿고 있던 모든 것이 산산이 부서지기 시작하는데…

어벤져스가 벌인 전투로 많은 사람들이 불의의 사고를 당하는 등 부수적인 피해가 일어나자 정부는 슈퍼히어로 등록제를 추진하려 한다. 어벤져스의 독자적인 판단에 맡기기보다 직접 관리, 감독하겠다는 게 정부의 속내. 아이언맨은 정부의 방침을 따라야 한다는 입장인 반면, 캡틴 아메리카는 정부의 감시 없이 자유롭게 지구를 지켜야 한다고 주장한다. 어벤져스 내부는 캡틴 아메리카(윈터 솔져, 팔콘, 호크아이, 스칼렛 위치, 앤트맨)와 아이언맨(블랙위도우, 워머신, 블랙 팬서, 비전, 스파이더맨) 두 입장으로 나뉘어 대립하게 되는데...

치명적인 바이러스 시미안 플루로 인류가 거의 멸망하고 소수만이 살아남은 시대. 유인원들은 도시를 떠나 숲에서 그들의 세상을 만들었다. 도시는 폐허가 되었고, 10년간 인간과 유인원은 서로 다른 공간에 머물며 마주치지 않고 살아왔기 때문에 유인원들은 인간이 멸종한 것이 아닐까 추정하고 있다. 그 평화가 깨진 것은 도시의 비상전력이 다 소진되면서부터. 전력 공급을 위해서는 유인원이 거주하는 숲에 있는 댐을 재가동해야 한다. 우연히 두 존재가 마주치게 되자, 유인원과 인간은 평화를 지킬 것인가 무력을 써서 주도권을 가져야 하나를 두고 내부 마찰을 겪는데...