16세기 중반 항해 중이던 한 선박 안에서 한 소년이 자신의 아버지가 해적 생 형제들로부터 목숨을 잃는 관경을 목격한다. 난파 후, 표류하던 그는 뱅갈라는 섬의 투간다족에 의해 구조되고, 그들과 함께 생활하게 된다. 시간이 흘러 1938년 뱅갈라 정글의 오지. 투간다 부족의 은으로 만들어진 해골을 찾기 위해 한 무리의 레이더스들이 이곳을 찾는다. 은 해골 세 개를 모으면 엄청난 에너지의 초자연적인 힘을 얻게 된다는 투간다의 전설을 듣고 이를 입수하기 위해서인데, 뉴욕 암흑가의 보스 드렉스가 이 초자연적인 힘으로 세계를 지배하기 위해 부하들을 이곳에 보낸 것이다. 숱한 희생을 치르며 드렉스의 부하들이 지도를 보고 찾아간 동굴에서 해골을 손에 넣는 순간, '걸어 다니는 영혼'이라 불리는 팬텀이라는 전설적인 전사가 나타나 이들을 추적한다. 그러나 드렉스의 부하들은 교묘한 수법으로 팬텀을 따돌리고 은 해골을 훔쳐 달아난다. 팬텀은 400년 전, 해적들에게 아버지를 잃은 후 뱅갈라섬의 투간다족과 함께 살았던 소년의 후손들로 대를 이어 투간다족의 은 해골을 지키는 팬텀으로 살아왔던 것이다. 뉴욕의 롱 아일랜드, 평소부터 드렉스의 움직임을 수상하게 여긴 여기자 팔머는 그에 대한 밀착취재를 시작하고, 잃어버린 "투간다의 해골'을 추적하던 팬텀은 그들의 음모를 저지하기 위해 뉴욕으로 온다. 한편, 이미 세 개의 은 해골 중에서 두 개를 모은 드렉스는 나머지 하나를 마저 찾아내기 위해 해골이 표시한 지도를 보고 나머지 하나를 가지고 있는 해적 생 형제의 후손인 카바이 생을 찾아가는데.