때는 2015년, SRC 우주개발센터에서는 괴수와 인간의 공존을 위한 신대륙을 개척하는 네오 유토피아 프로젝트가 착착 진행되고 있었다. 우주 비행사(아스트로노트)로서 새로운 희망에 불타는 무사시 하루노. 하지만 그곳에 우주에서 온 정체불명의 로봇들이 날아온다! 수송 로켓을 파괴하려고 다가온 그 순간, 일촉즉발의 위기! 울트라맨 코스모스 등장! 무사시는 코스모스와 함께 싸워서 그들을 물리치는데 성공한다! 하지만 그 순간, 과거 코스모스와 함께 지구의 위기를 구한 울트라맨 저스티스가 나타나 놀랍게도 로봇 군단의 기능을 부활시켰을 뿐만 아니라 코스모스까지 쓰러뜨리고 만다! 과연 저스티스의 진의는 무엇일까? 그리고 시시각각 우주에서 다가오는 거대한 물체의 정체는 무엇일까?

꿈을 향한 용기를 잃지 않고 소년 시절의 꿈을 이뤄 우주 비행사가 된 무사시 하루노 무사시. 무사시가 우주선을 타고 향한 곳은 성수 파라스탄이 지키는 녹색의 별, 쥬란 행성. 하지만 무사시가 쥬란 행성에서 본 것은 온통 붉은 모래로 뒤덮여 죽음의 별이 되어버린 쥬란 행성이었다. 동요하는 무사시에게 붉은 지표면에서 갑자기 나타난 괴수 병기 스콜피스가 달려든다. 쥬란 행성을 죽음의 별이 되게 한 것은 바로 이 전갈이었다. 스콜피스에 죽는다고 생각하는 순간, 상공에서 내려온 눈부신 빛이 무사를 구해준다. 눈부신 빛은 거대한 사람의 형상으로 변한다. 무사시는 그 사람의 모습을 보고 놀라서 "울트라맨 코스모스!!!"라고 외친다. 라고 외친다. 코스모스의 도움으로 무사히 지구로 돌아온 무사시는 어릴 적 친구인 츠톰의 결혼식에 참석하기 위해 상록의 섬 사이판을 방문한다. 결혼식에 모인 옛 친구들과 즐거운 시간을 보내던 무사시는 인어를 목격한다. 즐거운 시간은 오래가지 못했다. 행성 주란을 죽음의 별이 된 전갈자리가 사이판에 날아와 파괴행동을 시작한 것이다. 그 와중에 무사시가 목격한 인어가 해저 괴수 레이자와 동화되어 스콜피스에 맞서게 된다. 하지만 레이자는 스콜피스의 압도적인 힘에 눌려버리고 만다. 참다못한 무사시는 코스모스를 부른다. 하지만 코스모스는 나타나지 않는다. 난동을 부릴 만큼 난동을 부린 스콜피스는 쉽게 날아가 버렸다. 무사시가 인어라고 부르는 신비한 소녀는 자신의 이름을 샤우라고 한다. 샤우는 무사시에게 "스콜피스는 도망친 게 아니야. 산드로스에게 돌아간 것이다."라고 말했다. "라고 말하는 것이었다. 수수께끼의 소녀 샤우란? 샤우와 스콜피스의 관계는? 스콜피스의 배후에 섬뜩하게 숨어 있는 산드로스는 누구인가? 지구는 쥬란과 마찬가지로 죽음의 행성이 되어버리는 것일까?

관동 최대 야쿠자 조직 산노카이는 가토 회장체제하에 세를 불려 이제는 정재계에 영향력을 끼칠만큼 거대해졌다. 가토의 신임을 받는 조직의 2인자 이시하라는 실력주의를 외치며 고참간부들을 홀대하면서 조직내 분위기가 뒤숭숭해진 와중에 산노카이를 수사하던 형사와 현직 장관의 애인이 살해되는 사건이 터지자 경찰은 너무 거대해진 조직을 처리하기로 한다. 부패경찰 카타오카는 산노카이를 견제하기 위해 조직내 불만세력과 관서 최대조직 하나비시카이, 그리고 죽었다고 알려졌지만 살아있는 오오토모를 이용한 음모를 꾸미기 시작한다.

유출된 시작품 가이아 메모리로 도펀트화한 시민이 폭주하는 사건을 해결한 가면라이더 W. 거기에 갑자기 수수께끼의 미녀가 나타났다. 그녀의 이름은 미나. W에 깊은 원한을 가지고 복수에 불타는 그녀는 초능력을 사용해 덤벼 들어 왔다! 그녀의 공격을 피해 제압한 더블. 왜 원한을 갖고 있는지 묻기 시작했는데 그녀로부터 뜻밖의 말이.... 놀랍게도 후토를 존망의 위기에 몰고 간 사상 최악의 범죄자 다이도 카츠미=가면라이더 이터널이 그녀를 지옥으로부터 구한 영웅이라고 한다! 미나로부터 말해지는 뜻밖의 사실. 테러리스트 집단 NEVER, 그리고 가면라이더 이터널 탄생의 비화. 영원이라는 이름의 악마의 진실이 지금 밝혀진다!

도쿄 전역에서 머리를 잘라낸 시체가 발견되고, 실종자도 계속되는 상황에서 사건을 추적하는 형사 노지마는 수사 과정에서 아름다운 여성 사요코를 만나고, 두 사람은 서로에게 끌리게 된다. 한편, 노지마의 선배 형사인 미시마는 특수부대를 이끌고 도시에 숨어있는 흡혈귀 일족을 제거하는 극비 임무에 착수하는데...

고요하고 평화로운 일본열도, 어느 날 원인 모를 대규모의 폭발이 산발적으로 발생한다. 국민들은 이 원인 모를 폭발에 불안과 공포를 느끼기 시작하고 일본열도는 금세 전쟁터를 방불케하는 혼란으로 휩싸인다. 이에 일본 항공 자위대는 비상소집을 갖고 대책회의를 세우고 폭발사건의 원인 규명에 나선다. 결국 사건의 주범이 일본 내에 주둔중인 미군기지의 미사일이었다는 것을 밝혀낸 자위대는 또한, 미군기지의 미사일 시스템은 '녹색 원숭이'라 불리우는 정체불명의 테러집단의 단원에 의해 조종되었다는 사실까지 알게 된다. 발사 시스템을 조작하여 미사일을 날려보낸 '녹색원숭이' 단원은 체포되었지만 그는 결국 여러 가지 의문만 남겨놓은 채 "녹색원숭이가 세상을 지배한다"라는 말만 남기고 자살을 하고 만다. 사건은 다시 원점으로 돌아가고 이에 자위대는 사건 해결을 위해 '천리안'으로 불리우는 외과의인 '유리 사치코'에게 사건을 의뢰한다. 앞으로 일어날 사건을 미리 볼 수 있는 능력과 사람의 마음을 모두 읽어내는 능력이 있는 그녀는 이전에도 '녹색원숭이'의 테러로부터 사람들을 구했던 경험이 있는 일본 국민들의 정신적인 지주로 자리잡고 있는 유명인이다. 또한 항공 자위대는 '유리'에게 도움을 줄 '미유키'라는 조종사를 선발하여 '유리'와 함께 사건의 해결에 총력을 다하게 한다. 대학 시절 심리학을 전공한 '미유키'는 점점 '유리'의 불가사의한 능력에 감탄하며 그녀를 존경하게 되고...

‘여우’로 불리는 닌자 일족의 후예 ‘릿카’에게 신비한 능력의 소녀 ‘미야’가 찾아와 아버지의 복수를 부탁한다. 하지만 ‘미야’의 강력한 능력을 노리는 ‘네고로슈’ 일당이 그녀의 뒤를 쫓으며 이들은 위기에 처한다. ‘릿카’는 아버지를 잃었다는 동질감에 ‘미야’를 돕기로 결심하지만 그들을 노리는 적은 ‘네고로슈’뿐만이 아닌데…