전 세계 개성 보유자 섬멸을 목표로 하는 수수께끼 조직 휴머라이즈. 그들이 각국에 설치한 '이디오 트리거 밤'으로부터 사람들을 구하기 위해 세계 선발 히어로 팀이 결성된다! 세계 각국의 프로 히어로와 유에이 고교 히어로과 학생들이 소집되어 각 지역에서 폭탄 회수 임무를 맡게 되는데... 엔데버 사무소에서 인턴 중인 미도리야, 바쿠고, 토도로키는 오세온에서 작전 수행 중, 어떠한 사건에 휘말리게 되고 미도리야는 이를 계기로 만난 운반책 소년 로디와 함께 경찰, 빌런의 공격을 받으며 전국에 지명수배된다. 한편, 휴머라이즈의 지도자 플렉트 턴이 범행을 예고하며 세계는 패닉에 빠지고, 히어로 팀은 절체절명의 상황에 위험을 무릅쓰고 폭탄 회수에 나서는데... 제한시간은 단 2시간! 전 세계와 히어로들의 미래가 '그들' 손에 달렸다!

어느 날, 교도소가 폭파되는 사고가 발생하자 ‘에드’와 ‘알’ 형제는 그 곳으로 향하게 되고 거기서 ‘멜빈’이라는 탈옥수와 대치하게 된다. ‘멜빈’이 사용한 미지의 연금술로 인해 ‘에드’와 ‘알’은 그를 놓치게 되고, 신비로운 연금술의 비밀을 풀기 위해 이를 조사하던 중 ‘멜빈’에 대한 단서를 얻게 된다. 그러던 중 ‘멜빈’이 얼마 전 ‘아메스트리’라는 나라에 밀입국하려다 체포된 크레타인 ‘줄리아’와 관련이 있다는 사실을 알게 되자 그녀를 찾기 위해 ‘크레타’라는 나라와 국경을 접하고 있는 ‘테이블 시티’로 떠나게 되는데...

새로운 포켓몬 조로아와 조로아크! 올 겨울, 숨겨졌던 미래가 움직이기 시작한다! 20년 전, 세레비가 가지고 있는 비밀의 힘을 얻어 엄청난 부와 권력을 쌓아온 나흐벨츠. 나흐벨츠는 다시 한 번 그 힘을 손에 넣고자 조로아크를 이용해 크라운시티를 혼란에 빠뜨린다. 마을의 수호신이라 불리는 전설의 포켓몬 라이코, 앤테이, 스이쿤이 갑자기 나타나 크라운시티를 파괴하기 시작하는데… 그들은 나흐벨츠에게 조종당한 조로아가 둔갑한 것이었다! 나흐벨츠에게서 가까스로 탈출한 조로아와 함께 크라운시티로 향하는 지우와 피카츄 일행은 과연 나흐벨츠의 야망을 저지하고 최대의 위기에 처한 크라운시티와세레비, 그리고 조로아크를 구해 낼 수 있을 것인가!

잠들어 있던 그들이 깨어나고 포켓몬 역사상 최대의 모험과 감동이 찾아온다! 하나지방을 여행하는 지우와 피카츄, 아이리스와 덴트는 “대지의 검”이라는 독특한 모양의 성이 있는 마을 “아인트오크”에 도착한다. 지우와 친구들은 이 마을의 수확축제 기념배틀에서 신비한 파워를 주는 환상의 포켓몬, 비크티니를 만나는데… 이러한 비크티니를 찾고 있는 대지의 백성의 후예 드레드는 “대지의 백성의 왕국”을 부활시키기 위해 비크티니의 파워를 이용하고자 한다!!! 그와 함께하는 전설이라 불리는 포켓몬 제크로무와 레시라무의 정체는 과연 무엇이며, 지우와 친구들은 위험에 빠진 비크티니와 마을을 구할 수 있을 것인가!!

잠들어 있던 그들이 깨어나고 포켓몬 역사상 최대의 모험과 감동이 찾아온다! 하나지방을 여행하는 지우와 피카츄, 아이리스와 덴트는 “대지의 검”이라는 독특한 모양의 성이 있는 마을 “아인트오크”에 도착한다. 지우와 친구들은 이 마을의 수확축제 기념배틀에서 신비한 파워를 주는 환상의 포켓몬, 비크티니를 만나는데… 이러한 비크티니를 찾고 있는 대지의 백성의 후예 드레드는 “대지의 백성의 왕국”을 부활시키기 위해 비크티니의 파워를 이용하고자 한다!!! 그와 함께하는 전설이라 불리는 포켓몬 제크로무와 레시라무의 정체는 과연 무엇이며, 지우와 친구들은 위험에 빠진 비크티니와 마을을 구할 수 있을 것인가!!

대도시 뉴톡시티에서 '포켓몬힐스'를 구경하던 지우와 친구들 앞에 갑자기 나타난 '3억 년 전 화석에서 부활한 포켓몬 게노세크트' 게노세크트를 만난 지우와 친구들은 그들을 도와주려 하지만 리더 '붉은 게노세크트'의 갑작스런 공격으로 위험에 빠진다..! 그 순간 나타나 지우와 친구들을 위기에서 구한 '전설의 포켓몬 뮤츠'. '게노세크트'와 같이 인간에 의해 태어난 뮤츠는 어떻게든 힘이 되어주려 하지만 그 마음은 전해지지 못한 채 결국 두 포켓몬은 서로 격돌하게 되는데!! 가공할만한 위력의 각성한 뮤츠, 사상 최고의 스피드를 자랑하는 게노세크트. 운명적으로 맞붙게 된 이 둘의 대결의 결과는 과연?!

지우와 피카츄 일행은 '무엇이든지 소환할 수 있는 링'을 가진 환상의 포켓몬 후파를 만난다. 그때, 데세르시티에서는 엄청난 포켓몬을 봉인한 '굴레의 항아리'에 사악한 기운이 흐르고...! '굴레의 항아리'를 열고 분노의 힘으로 되살아난 '검은 그림자'! 그 그림자의 정체는 바로 '후파'의 본래 모습, 초후파였다! 초후파는 힘을 되찾기 위해 포켓몬계의 최강 파워를 자랑하는 전설의 포켓몬들을 소환하기 시작하고! 지우와 후파 일행은 위기에 빠진 마을을 지키키 위해 이를 대적할 가공할만한 파워의 다른 전설의 포켓몬을 소환해내는데...!

눈이 계속 내리는 겨울 어느 밤, 히어로 사회를 파괴하려고 계획하는 시가라키 토무라가 인솔하는 빌런 연합과 그 움직임을 사전에 포착한 히어로들의 전투가 전개되는 가운데, 남모르게 조용히 꿈틀거리는 "뭔가"가 일어나고, 그 자리를 떠났다. 마침 이즈쿠 일행의 유에이 고교 히어로과 1학년 A반이 은퇴한 No.1 히어로 올마이트의 뒤를 이어 "차세대 영웅 육성 프로젝트"의 일환으로 학급 전원에서 기간 한정의 교외 히어로 활동을 위해 일본의 훨씬 남쪽에 위치한 외딴 섬 "나부 섬"을 찾았다. 얼마 전 큰 사건이 일어나지 않았던 평화로운 섬에서 이들은 주재 영웅으로서 섬사람들의 생활을 도우며 분주했고, 그러면서도 한가한 시간을 보내고 있었다. 그러나 그 정적을 부수듯이, 갑자기 빌런들이 나부 섬을 덮쳐, 차례차례로 섬의 시설을 파괴해 간다. 그들을 지휘하는 것은, "나인". 그날 밤, 눈을 뜬 "뭔가"그 자체였다. 이즈쿠와 바쿠고 등의 1학년 A반의 멤버는 힘을 모아 빌런에 맞선다! 과연 섬을 덮치는 나인의 목적이란!? 그리고 이즈쿠 일행의 1학년 A반의 "뉴 히어로"들은 이 가장 흉악한 빌런으로부터 섬의 사람들을 지킬 수 있을까!?

포켓몬 콘테스트를 위해 아라모스 마을을 찾은 지우, 빛나, 웅. 그런데 그곳에서 전설의 포켓몬 디아루가와 펄기아의 배틀이 벌어지고, 어떤 이유인지 환상의 포켓몬 다크라이까지 합세하게 된다. 지우와 피카츄, 그리고 그곳에 있던 모든 포켓몬들은 유례없는 대결로 위험에 빠진 아라모스를 지키려 하고, 그 과정에서 사상 최대의 포켓몬 대전투의 막이 열리게 되는데…

지구를 빼앗기 위해 새로운 적·나하네, 오하네프 그리고 수수께끼의 거대 괴물체가 우주에서 나타났다! 그 모든 것은 초진화연구소가 몰래 개발을 진행하던 신카리온 ALFA-X가 열쇠를 쥐고 있다...!? 평온한 나날을 보내던 하야토들 팀 신카리온의 싸움이 다시 막을 올린다--!! 갑작스런 적의 공격으로 아버지·호쿠토가 행방불명되어 불안감을 감추지 못하는 하야토. 거기에 나타난 것은 시공을 넘어 온 9세인 호쿠토였다! 빛의 입자에 휩싸여 타임 슬립 해 온 소년 호쿠토는 지구를 지키기 위해서, 그리고 본래 세계로 돌아가기위해 최신 기술을 결집해 완성한 신카리온 ALFA-X의 운전사가 되기로 결심한다. 두 사람의 뜻과 함께, 홋카이도 지부·야마가타 지부·오미야 지부·나고야 지부·교토 지부·몬지 지부에서 집결한 팀 신카리온은 우주 최강의 적에 대항한다! 팀 신카리온은 일본의 평화와 안전을 지킬 수 있는가! 하야토는 아버지·호쿠토와 재회할 수 있는가!?

포켓몬 트레이너의 자격을 얻을 수 있는 10살이 되는 아침을 맞이한 지우는 오박사 연구소에서 파트너 포켓몬을 받을 예정이었지만, 늦잠을 자게 되고 마지막으로 남아 있는 낯을 가리고 사람을 잘 안 따르는 포켓몬 피카츄와 파트너가 된다. 첫만남부터 티격태격하며 우정을 쌓아가던 중 우연히 전설의 포켓몬을 목격하게 된 지우와 피카츄는 다시 한번 전설의 포켓몬을 찾아 떠나기로 약속하는데...

모두가 ‘개성’이라는 초능력을 가진 세계, 여기에 ‘무개성’의 소년이 있었다! 하지만 소년은 ‘개성’ 대신 히어로가 될 조건을 가지고 있었는데… NO.1 히어로 ‘올마이트’의 뒤를 잇는 새로운 영웅 탄생! 개성이 없어도, 넌 세상을 빛낼 히어로가 될 수 있다! 5월 모두 다같이 입학~!