눈 내리는 한여름날, 거절을 못 하는 십 대 소년이 기가 센 소녀에게 이끌려 소녀의 엄마를 함께 찾아 나선다. 신비한 여정 속에서 소심한 소년의 마음이 시험에 든다.

히로시마 출신의 그림 그리기를 좋아하는 한 평범한 소녀 ‘스즈’는 열여덟 살이 되어 산 너머 동네의 ‘호죠 슈사쿠’와 결혼한다. 평범하고도 따뜻한 가정을 꾸리던 ‘스즈’의 삶에 태평양 전쟁이라고 불리는 전쟁이 들이닥치게 되고, ‘스즈’에게 익숙하고 소중했던 것들이 하나둘 빛을 잃어가는데…

U.C.0097. ‘라플라스의 상자’가 열린 지 1년. 뉴타입의 존재와 그 권리에 언급된 ‘우주세기 헌장’의 존재가 밝혀졌어도 세상의 틀은 크게 변화되지 않았다. 후에 ‘라플라스 사변’이라고 불리는 전란은 네오 지온의 잔당군 ‘소데츠키’가 와해되며 종결된 것으로 보였다. 그 최후의 전투에서 2기의 풀 사이코 프레임 사양의 모빌 수트가 인지를 초월한 힘을 보였다. 하얀 유니콘과 검은 사자. 2기의 위협은 봉인됨으로써 사람들의 의식에서 멀어져 갔고 기억에서 사라질 예정이었다. 하지만 2년 전에 행방불명 된 RX-0 유니콘 건담 3호기가 지구권에 다시 모습을 드러내기 시작했다. 금빛 ’불사조’, 그 이름은 페넥스.

세계의 운명을 좌우하는 "타임 크리스탈"을 둘러싸고 루팡&고에몽vs지겐의 뜨거운 싸움이 시작된다! 루팡 3세와 공모한 혐의로 제니가타 경부에게 체포영장이 발부된다. 그것을 알게 된 루팡은 TV에 출연해 오보임을 알리나, 오해를 푸는 대신 특별한 다이아몬드「타임 크리스탈」을 훔친다. 그 다이아몬드는 세계정복을 가능하게 만들 슈퍼 양자 컴퓨터, 에밀카를 기동하기 위해 필요한 물건이었다. 루팡은 다이아몬드를 훔치는 것에 성공하지만 동료인 지겐 다이스케에게 빼앗기고 만다! 그때, 런던에서 쇼팽 콩쿨 우승 후보자인 소녀, 알리사가 유괴된다. 지겐의 배신, 피아니스트의 실종, 제니가타의 체포...