2071년의 화성. 도심에서 화물차가 폭발한 후 원인 불명의 죽음이 이어지자, 테러로 판단한 정부가 거액의 현상금을 내건다. 잔챙이 사냥에 지친 카우보이들, 오랜만에 몸 좀 풀어볼까?

뉴욕에 출현한 거대한 디지몬이 '선택받은 아이들'을 알 수 없는 세계로 끌고 간다. 거대 디지몬의 정체를 알고 있는 듯한 소년 워레스와 함께 '서머 메모리'라는 곳으로 향하는 다이스케 일행. 디지털 월드에는 또 무슨 일이 벌어진 것일까? 갇힌 아이들은 다시 원래 세계로 돌아갈 수 있을까?

돌연 현실세계에 리얼라이즈한 로코몬이 폭주한다. 그리고 하늘에 보이는 디지털 존. 로코몬의 목적은 폭주를 통해 시공을 비틀어 디지털 존을 여는 것이었다. 그리고 로코몬을 조종하는 건 다름아닌 패러사이몬. 패러사이몬이 로코몬에 기생한 이유는 로코몬으로 하여금 디지털 존을 열게 하여 그곳을 통해 자신이 리얼라이즈하는 것이 목적이었다. 그리하여 침략이 시작되고 궁극체로 변신한 주인공들이 싸우지만, 압도적인 물량에 의해 밀리기 시작한다. 질 수 없다고 결심한 타카토의 결심이 그라니를 불러와 듀크몬 크림슨 모드로 융합하고, 크림슨 모드의 공격 한방에 모든 패러사이몬들은 사라지고 로코몬은 디지털 세계로 돌아간다.

여름방학. 타카토는 바쁜 부모님을 대신해 성묘하기 위해 혼자서 오키나와의 친척 집으로 향한다. 그런데 평화롭기만 한 오키나와에 흉악한 디지몬이 나타나고, 타카토와 사촌 카이는 디지몬에 습격당해 정신을 잃은 소녀 미나미를 구출한다. 흉악한 디지몬이 미나미를 노리는 이유는 무엇일까?