도쿄만에서 훈련 중이던 이지스함 안에서 전후 일본 최대의 위기가 진행되고 있었다. 이지스(aegis)는 그리스 신화에 등장하는 제우스의 방패 이름으로 현재는 미해군의 함대방어시스템을 가리킨다. 이러한 최강의 방어체계가 무너지고 있는 것이다. 국적 불명의 테러리스트 ‘용하’가 오키나와 미군기지에서 빼앗은 생화학무기 '고슈(GUSOH)'를 갖고 도쿄로 향하고 있다. 그는 함장을 제거하고 지휘권을 장악한 부함장 ‘미야즈’와 결탁하여 위험천만한 테러를 감행하려는 것이다. 일본 정부는 함선에 비밀요원 ‘키사라기’를 심어 두었으나 한 사람의 힘으로 이들을 막을 수 없고 연락이 두절된 상태이다. 이 때, 함대를 장악한 용하와 미야즈, 그 어느 쪽도 속하지 않는 선임상사 ‘센코쿠 하사시’가 오로지 테러를 막기 위해 키사라기를 돕는다. 둘은 적으로 가득한 함선을 누비며 배를 멈추고 또 ‘고슈’를 찾아 나선다. 하지만 두 사람의 존재를 알지 못하는 일본 정부는 함선을 저지하기 위해 미군의 도움을 받아 전투기를 출격시킨다. 전투기가 함선을 폭격하기 전에 미사일을 찾아내야 하는 긴박한 상황이 전개된다.

법관을 꿈꾸는 천재 대학생 야가미 라이토(후지와라 타츠야). 법의 한계를 느끼던 그는 어느 날 우연히 데스노트를 줍게 된다. 이 노트에 이름이 적힌 사람은 죽는다라는 한 문장을 반신반의하며 TV뉴스에 방영된 유괴범의 이름을 적자 실제로 죽음이 이루어진 것. 노트의 힘을 알게 된 라이토는 자기 손으로 범죄자를 처단하고 이상적인 세계를 만들어 가기로 결심한다. 세계 각지의 범죄자들이 의문의 심장마비로 죽어나가자 인터폴에서는 이 사건을 수사하기 위해 한 명의 천재에게 도움을 청한다. 그는 전세계 미궁에 빠진 사건을 해결해 온 수수께끼의 명탐정 L(마츠야마 켄이치). 이제 두 천재의 치열한 두뇌싸움이 시작되는데...

우연히 데스노트를 얻어 키라라는 이름으로 이상세계를 건설하려는 천재 야가미 라이토(후지와라 타츠야)와 미궁에 빠진 키라사건을 담당하게 된 또 다른 천재 L(마츠야마 켄이치). 드디어 대면하게 된 두 천재는 서로의 본심을 숨긴 채 한 사람은 상대방을 죽이기 위해 또 한 사람은 상대방의 정체를 밝혀내기 위해 본격적인 두뇌싸움을 시작한다. 이들의 치열한 공방이 계속되는 가운데, 지상으로 또 한 권의 데스노트가 떨어지고 이 노트를 줍게 된 미사(토다 에리카)는 제2의 키라를 자처한다. 데스노트의 룰에 따라 그녀의 주위를 맴돌게 된 또 다른 사신 렘과의 거래로 미사는 최강의 무기 사신의 눈을 가지게 되고 두 권의 노트로 인해 천재들의 대결은 더욱 끝을 알 수 없는 종국을 향해 치달아 가는 데..

가메라와 갸오스의 싸움(1편)으로 부모를 잃은 중학생 아야나는 가메라를 증오하며 살아가던 중, 마을에 전해 내려오던 전설의 괴수를 만나 ‘이리스’라는 이름을 지어주고 보살핀다. 그러나 ‘이리스’는 아야나의 바람과 달리 점점 거대해지면서 사람들을 공격하고 도시를 파괴하기에 이른다. 이를 저지하기 위해 나타난 가메라! 이제 가메라와 ‘이리스’의 격렬한 사투가 펼쳐진다!

훗카이도에 거대한 운석이 떨어지고 삿포로에는 곤충처럼 생긴 괴생물 집단이 출현한다. 가메라는 괴생물 집단과 싸우지만 거대한 괴생물 ‘레기온’으로부터 치명적인 공격을 받고 쓰러진다. 마음의 교감을 통해 가메라에게 힘을 주던 아사기와 어린이들은 죽은 듯 움직이지 못하는 가메라의 힘을 되돌리기 위해 마음을 하나로 모으는데…