‘스타크 인더스트리’의 대표 토니 스타크(아이언맨)는 새롭게 개발한‘하워드’위성을 세상에 발표한다. 그는 하워드 위성을 통해 폭력과 살인, 테러리즘 등의 범죄를 사건이 일어나기 전에 탐지해서 방지할 수 있는 세상이 열리게 된다고 말한다. 한편 위성 발사를 앞두고 레이더스 무장용병의 공격과 함께 나타난 에제키엘은 부식성 생물학적 세포의 존재로 사람들을 무차별 살상하고 콘트롤타워를 순식간에 폭파시킨다. 아이언맨 조차 속수무책으로 당하고, 이 사건으로 아이언맨의 동료인 로디(워머신)가 희생당한다. 300여명의 사상자가 발생한 이 사건으로 S.H.I.E.L.D의 총책임자 닉 퓨리는 책임을 묻기 위해 토니를 불러들이지만, 토니는 ‘에제키엘’ 을 쫓는다. 토니를 잡기 위해 S.H.I.E.L.D의 요원 나타샤와 호크 아이가 따라붙고 에제키엘에 관한 단서를 쫓던 토니는 자신의 비서 페퍼의 도움으로 테크노 유기 갑옷과 관련된 비밀거래 장소로 찾아간다. 토니는 나타샤와 호크 아이의 추적을 따돌리고 일명 ‘처벌자’로 불리는 프랭크 캐슬의 도움으로 에제키엘의 비밀을 알게된다. 토니의 예전 동업자였던 오바디아 스테인의 아들이자 천재 과학자인 에제키엘은 수년간 테크노 유기갑옷의 불법연구에 관련되어 왔고 테크노보어로 엄청난 초능력을 갖게 되었다. 드디어 S.H.I.E.L.D 본부에 모습을 드러낸 에제키엘은 시스템을 해킹하고 세계의 모든 컴퓨터에 액세스, 하워드를 이용해 세계 주요 위성을 장악하려는 음모를 꾸민다. 이를 저지하려는 아이언맨은 에제키엘과 운명적 대결을 펼치게 되는데…

2117년 겨울, 공안국 빌딩에 한 대의 폭주 차량이 돌진하는 사건이 일어난다. 운전자는 아오모리에 있는 잠재범 격리 시설 「생츄어리」의 심리 카운슬러인 야사카 이즈미였다. 하지만 공안국의 조사 직전에 야사카 이즈의 즉각 송환이 결정되고, 감시관 시모츠키 미카는 그녀를 송환하기 위해 집행관인 기노자 노부치카, 쿠니즈카 야요이 함께 아오모리로 향한다. 그리고 그 곳에서 그들을 기다린 건 “가짜 낙원”이었다.

아카네가 공안국 형사과 1계에 배속되기 전 2112년 여름 오키나와. 국방군 제15통합 임무부대의 스고 텟페이는 우수한 조종사로서 군사작전에 참여하고 있었다. 3개월 후 무인 무장 드론이 도쿄의 국방성을 공격하는 사건이 발생하고, 사건 조사를 위해 국방군 기지를 방문한 형사과 1계 집행관 마사오카 토모미는 스고와 함께 사건의 진상에 접근한다.

중학생 소녀 가즈코는 친구들인 고로, 가즈오와 함께 과학실 청소를 하다가 플라스크에서 올라온 강한 라벤더향을 맡고 정신을 잃는다. 사흘 후, 가즈코의 주위에는 이상한 사건들이 일어나기 시작한다. 한밤중에 지진이 일어나서 고로의 집이 불에 타고, 다음날 아침 고로와 함께 교통사고를 당하는 순간, 전날 아침으로 되돌간다.

마법과 고교의 열등생의 극장판 애니메이션, 시간이 흘러 시바 타츠야가 졸업한 이후의 시점의 이야기가 전개된다.