2004년에 방송되어 인기를 얻은 동명의 11부작 TV시리즈 의 극장판으로, TV시리즈 이후의 이야기를 그린 극장판의 후편이자 시리즈의 완결편. 미사일 공격으로부터 일본을 구한 'AIR KING' 타키자와 아키라는 귀국 후 테러리스트의 신분으로 공안에 쫓기고 있다. '100억엔이 있다면 어디에 쓸 것인가?'. 수수께끼의 인물 미스터 아웃사이드가 던진 이 질문 때문에 선택된 세레손들이 차례로 게임에 참가하고, '동쪽의 에덴' 멤버들은 타키자와의 과거를 조사해서 그를 구하려고 한다. 세레손 중 한 명이 자신과 동쪽의 에덴 멤버를 해방시키는 조건으로 게임에서 빠지려고 하는 거래를 모노노베로부터 전해들은 타키자와. 그는 일본국민 한 명 한 명의 휴대폰으로 일본의 미래에 대한 연설을 감행한다. 이 작품의 감독, 각본은 TV시리즈의 로 알려진 카미야마 켄지. 현대 일본의 사회와 사람들을 모티브로 삼아 방대한 스케일로 제작된 의욕적인 작품이다.

모든 것이 네트워크로 연결된 미래 도시, 군사독재정권 시아크 공화국의 테러리스트 13인이 자살하는 사건이 벌어진다. ‘공각기동대’로 불리는 공안 9과는 이 연쇄 자살을 ‘전뇌 해킹’을 통한 동일 사건으로 판단하고, 사건의 열쇠를 쥔 해커 ‘꼭두각시 조정자’를 찾아 나선다. 하지만 제1의 용의자로 지목된 시아크 공화국의 독재자 ‘카루마 장군’이 싸늘한 주검으로 발견되고 사건은 점차 미궁 속으로 빠져든다. 그러던 중, 2년 전 행방불명 됐었던 전 멤버 ‘쿠사나기 모토코’가 제2의 용의자로 지목되고, 리더 ‘토구사’의 딸이 납치당하는 등 ‘공각기동대’의 절체절명 위기가 닥쳐오는데…