사람은 누구나 자신만의 세계를 가지고 있다. 34명의 학생이 떠드는 2학년 1반의 교실 안에도, 수많은 세계가 있다. 요시다나 와타나베와 함께 어제밤의 만화영화 이야기를 뜨겁게 나누는 것이, 나-혼죠 아키오의 세계다. 즐겁고, 마음 편하다. 하지만, 사실은 언제나 생각하고 있다. 교실 저편에 화려하게 아이들에게 둘러싸여 웃고 있는, 마키나 쥬리의 세계를. 어느날, 나는 그녀의 세계를 접하게 된다. 말처럼 간단한 것은 아니지만…

안녕하세요! 저 츠보미예요 실은 에리카, 이츠키, 유리 언니와 함께 꽃의 도시 파리에 왔습니다. 무려 우리 모델로서 패션쇼에 나가는 거예요! 어쩌죠! 왠지 긴장되네요! 하지만 그 전에 꽃이 가득 있다는 멋진 파리 거리를 체크!! 그런데 거리에는 경찰관이 가득!? 프랑스에는 요즘 보름달의 밤에 늑대가 나온다는 소문이 있답니다. 그러던 중 늑대 남자 아닌 상처투성이 소년 올리비에가 갑자기 하늘에서 내려왔죠. 게다가 디자이너까지 출현했습니다!! 에~ 파리는 꽃이 아니라 사건이 가득해요~? 으~ 어떡하죠~ 하지만 저 지지 않아요! 올리비에를 절대 보호하겠습니다! 제발 우리 프리큐어에게 여러분 마음의 꽃 파워를 빌려주세요!

교토에 사는 내향적인 중학생 텐도 준은, 뜻밖의 일로 1200년 이전의 헤이안 시대에 타임슬립해 버린다. 거기에는 사람들이 두려워하는 '귀신'이라는 존재가 있었다. 준은 스님인 켄도에 의해 이끌려, 귀신과 싸우는 동안 귀신의 정체를 알게 되고 또한 자신의 출신 경위를 알게 된다. 그리고 진정으로 싸워야 할 상대가 누구인가를 깨달은 준은, 귀신들과 함께 목숨을 건 싸움을 건다.

눈이 계속 내리는 겨울 어느 밤, 히어로 사회를 파괴하려고 계획하는 시가라키 토무라가 인솔하는 빌런 연합과 그 움직임을 사전에 포착한 히어로들의 전투가 전개되는 가운데, 남모르게 조용히 꿈틀거리는 "뭔가"가 일어나고, 그 자리를 떠났다. 마침 이즈쿠 일행의 유에이 고교 히어로과 1학년 A반이 은퇴한 No.1 히어로 올마이트의 뒤를 이어 "차세대 영웅 육성 프로젝트"의 일환으로 학급 전원에서 기간 한정의 교외 히어로 활동을 위해 일본의 훨씬 남쪽에 위치한 외딴 섬 "나부 섬"을 찾았다. 얼마 전 큰 사건이 일어나지 않았던 평화로운 섬에서 이들은 주재 영웅으로서 섬사람들의 생활을 도우며 분주했고, 그러면서도 한가한 시간을 보내고 있었다. 그러나 그 정적을 부수듯이, 갑자기 빌런들이 나부 섬을 덮쳐, 차례차례로 섬의 시설을 파괴해 간다. 그들을 지휘하는 것은, "나인". 그날 밤, 눈을 뜬 "뭔가"그 자체였다. 이즈쿠와 바쿠고 등의 1학년 A반의 멤버는 힘을 모아 빌런에 맞선다! 과연 섬을 덮치는 나인의 목적이란!? 그리고 이즈쿠 일행의 1학년 A반의 "뉴 히어로"들은 이 가장 흉악한 빌런으로부터 섬의 사람들을 지킬 수 있을까!?