나나하라 슈야와 나카가와 노리코가 BR 법에서 살아남은지 3년의 시간이 흘렀다. 테러의 시대로 접어든 세상에서 사람들은 BR 법을 시행한 국가에 대항하여 수도를 파괴하고, 이에 정부는 나나하라를 테러리스트의 중심 인물로 지명수배한다. 반BR법 조직인 '와일드 세븐'의 리더가 된 나나하라는 자신을 사지로 몰아넣었던 어른들을 상대로 선전포고를 하고, 정부는 다시 BR II 라는 법을 제정하여 또 다른 중학교 3학년생들에게 강제로 군복을 입힌다. BR II는 제한 시간 3일 내에 2명씩 태그 매치를 이루어 나나하라를 발견하여 죽이면 승리하는 것이다. 상대가 학생들이라는 것을 모르는 와일드 세븐은 다시 어른들에 의해 서로가 서로를 죽이게 되는데...

극심한 사회혼란을 겪고 있는 일본. 학급붕괴와 범죄에 노출된 청소년들을 강력한 생존 능력의 소유자로 만들기 신세기교육개혁법(BR법)이 공표된다. BR 법은 전국의 중학교 3학년 중에서 매년 한 학급을 행동범위가 제한된 일반인이 없는 장소에 이송하여 지도와 일정의 음식, 그리고 여러 가지 무기를 나눠 주고, 마지막 한 사람이 남을 때까지 서로 죽이게 한다는 법률. 제한 시간 3일 동안 위법 행위에 구애받지 않고 서로를 죽여야 한다. 수학여행을 위장하여 무인도에 도착한 학생들은 마치 게임처럼 진행되는 상황에 경악하지만, 생존을 위해 결국 서로의 목숨을 빼앗기 시작한다.

돌연 현실세계에 리얼라이즈한 로코몬이 폭주한다. 그리고 하늘에 보이는 디지털 존. 로코몬의 목적은 폭주를 통해 시공을 비틀어 디지털 존을 여는 것이었다. 그리고 로코몬을 조종하는 건 다름아닌 패러사이몬. 패러사이몬이 로코몬에 기생한 이유는 로코몬으로 하여금 디지털 존을 열게 하여 그곳을 통해 자신이 리얼라이즈하는 것이 목적이었다. 그리하여 침략이 시작되고 궁극체로 변신한 주인공들이 싸우지만, 압도적인 물량에 의해 밀리기 시작한다. 질 수 없다고 결심한 타카토의 결심이 그라니를 불러와 듀크몬 크림슨 모드로 융합하고, 크림슨 모드의 공격 한방에 모든 패러사이몬들은 사라지고 로코몬은 디지털 세계로 돌아간다.