전쟁이 일어날것 같은 긴장 상태에 놓여있는 두 국가를 사이에 두고 분쟁을 막으려한 한 여가수의 죽음을 배경으로 루팡과 그의 파트너 지겐 다이스케와 암살자의 싸움을 그리고 있다. 루팡3세의 외전으로써, 루팡이 아닌 지겐 다이스케를 주역으로 진행되는 점이 특징이다.

캐피털 가드의 후보생 ‘벨리 제남’은 첫 실습에서 우주 해적의 습격과 마주한다. 해적들을 포획하는 일에 협력하면서도 붙잡힌 소녀 ‘아이다’에게 묘한 느낌을 받는 ‘벨리’. 뿐만 아니라 그녀가 'G-셀프'라 부르는 고성능 모빌 슈트를 자신 역시 기동할 수 있음을 알게 되는데... 우주세기 이후의 시대, 리길드 센추리. 세계를 뒤흔들 진상이 드러나기 시작한다!

세계의 운명을 좌우하는 "타임 크리스탈"을 둘러싸고 루팡&고에몽vs지겐의 뜨거운 싸움이 시작된다! 루팡 3세와 공모한 혐의로 제니가타 경부에게 체포영장이 발부된다. 그것을 알게 된 루팡은 TV에 출연해 오보임을 알리나, 오해를 푸는 대신 특별한 다이아몬드「타임 크리스탈」을 훔친다. 그 다이아몬드는 세계정복을 가능하게 만들 슈퍼 양자 컴퓨터, 에밀카를 기동하기 위해 필요한 물건이었다. 루팡은 다이아몬드를 훔치는 것에 성공하지만 동료인 지겐 다이스케에게 빼앗기고 만다! 그때, 런던에서 쇼팽 콩쿨 우승 후보자인 소녀, 알리사가 유괴된다. 지겐의 배신, 피아니스트의 실종, 제니가타의 체포...