2차 세계대전, 일본의 한 마을에 폭격기로 인한 대공습이 일어난다. 마을이 화염으로 휩싸이자, 14살인 세이타는 부모님과 따로 만나기로 약속한 채 4살짜리 여동생 세츠코를 업고 피신한다. 결국 집과 어머니를 잃고 먼 친척아주머니의 집으로 향하는 세이타와 세츠코. 힘들고 어려운 환경에서도 오빠 세이타는 천진하고 착한 여동생 세츠코를 보면서 희망과 용기를 잃지 않는다. 하지만 시간이 지날수록 친척아주머니의 남매에 대한 냉대는 더욱 심해지고, 세이타는 어머니가 남겨주었던 마지막 여비를 챙겨 세츠코와 함께 산 속에 있는 방공호로 거처를 옮긴다. 두 남매는 산 속 동굴에서 반딧불이를 잡아 불을 밝히고, 물고기와 개구리를 잡아먹으며 살아가는데...

키타기리 무네조는 어머니와 누나, 그리고 키에와 함께 행복한 생활을 하고 있었다. 어머니가 돌아가신 후, 누나도 하급무사에게 시집을 가고, 키에 역시 혼담이 성사되자 무네조는 번에 들어가 서양 전술을 배우기 시작한다. 그러던 어느 날, 어머니의 3주기를 맞은 키타기리는 추모 모임에서 돌아오던 중 키에가 쓰러졌다는 소식을 듣게 된다. 창고에서 키에를 발견한 키타기리는 그녀를 자신의 집으로 데려와 간호하고, 예전과 같은 행복한 생활이 시작된다. 그러나 무네조의 친구인 야이치로가 반역의 주동자로 극형에 처해지자 스승인 토다는 무네조에게 비검인 오니노츠메를 전해주는데...