수수께끼의 재해인 세계 동시 도시 소멸로부터 5년. 세계는 혼란 속에 빠져 있으면서도 조금씩이나마 부흥을 이루려 하고 있었다. 그런 세상에는 3D 홀로그램 기반의 '시어트리컬 머티리얼 시스템'을 이용한 연극에 매혹되어, 빛나는 무대에 서기를 꿈꾸는 소녀들이 있었다. 각자의 생각과 마음을 가슴에 품은 채 지금, 스테이지의 막이 오른다....

서력 5012년. 갑자기 지구로 날아온 '외계인'과 그들이 만들어 낸 '기계 생명체'의 침략으로 인류는 괴멸의 위기에 빠졌다. 달로 도망간 얼마 안 되는 인류는 지구를 탈환하기 위해 '안드로이드' 병사를 이용해 반격 작전을 개시했다. 하지만 무한히 증식하는 '기계 생명체' 앞에서 싸움은 교착 상태에 빠졌다. 이에 인류는 최종병기로 신형 안드로이드 '요르하 부대'를 지구에 파견했고, 새롭게 지구에 파견된 '2B'는 한발 앞서 지구에 와 있는 조사원 '9S'와 합류해 임무에 임했다. 하지만 그 과정에서 그들은 수많은 불가사의한 현상과 조우했고... 이건 인류를 위해 계속 싸워 나가는, 생명이 없는 '안드로이드'의 이야기.