나루미 아키코와의 신혼 생활을 시작한 테루이 류. 그런 때 발생한 연속 소매치기 살인 사건. 도펀트 범죄로 판단하고 수사를 개시한 류와 초상범죄수사과였지만, 수사 중 진노 미키오 형사가 흉탄에 쓰러졌다! 그리고, 놀랍게도 류가 용의자? 사건의 열쇠를 잡는 미녀 소매치기와 독자적으로 사건을 쫓는 류지만, 액셀 메모리를 잃어버려서 변신도 할 수 없다! 게다가 미녀와의 도망을 알아 분노한 아키코와는 이혼 위기에!? 차례차례로 닥쳐 오는 위기! 신 폼으로 앞질러 주마!

영원이라고 하는 이름의 악마! 안녕히, 가면라이더 W!? 모든 가이아 메모리에 죽음을... 후토 타워 완성 30주년의 여름 - 후토의 시민들을 놀라움에 떨게 할 대사건이 벌어진다. 더블이나 액셀이 쓰러뜨렸을 터인 도펀트들이 갑자기 나타난다. 아무래도 거리에 흩뿌려진 A부터 Z까지의 26개의 차세대 가이아 메모리가 원인인 듯하다. 쇼타로와 필립이 만난 국제특무조사기관원 마리아에 의하면 T2 가이아 메모리는 슬롯없이 직접 인체에 박는 최신형 메모리라고 한다. 흩뿌려진 메모리를 손에 넣고자 암약을 시작한 다이도 카츠미를 리더로 하는 흉악 테러리스트 집단 NEVER. 그들의 목적은 이 후토를 점령하고 지배하는 것. 보다 빨리 메모리를 회수하지 않으면 후토가 위험하다! 즉시 행동을 시작하는 쇼타로 일행. 하지만 그들은 아직 몰랐다. 'E'(이터널)의 메모리를 이미 다이도 카츠미가 손에 넣었던 것이다. 그리고 필립은 아름다운 마리아에게 자신의 어머니의 모습을 겹쳐 보는 것이었다. 이렇게 후토에 갑자기 뿌려진 'A~Z' 26개의 차세대 가이아 메모리... 그리고 갑자기 나타난 흉악한 범죄자들. 후토를, 그리고 가면라이더를 덮치는 최대의 위기. 무서운 적의 야망으로부터 더블과 액셀은 후토의 사람들을 구할 수 있는 것일까!? 거대한 음모가 소용돌이치는 가운데 충격의 사실이 차례차례 밝혀진다. 절체절명의 핀치에 빠진 쇼타로에게 역전의 조커(비장의 패)가 있는 것인가? 사람들의 바람을 가슴에, 뜨거운 우정의 인연을 무기로 둘이서 하나인 가면라이더가 바람을 가른다!!

가이아 메모리와 코어메달로부터 공포의 거대 에너지체가 등장. 가면라이더 코어(C)라 자칭하게 된다. 그 힘을 막기 위해 2명의 라이더는 지구 깊숙한 중심 속의 「기억의 샘의 결정」으로 향한다. 한편, 테루이 류는 아키코를 지키기 위해 가면라이더 액셀(A)이 되어 프테라노돈야미에 맞선다!

더블과 디케이드, 두 사람의 가면라이더가 자신들의 운명에 정면으로 마주했을때 싸움은 새로운 스테이지로 이끌려진다! 대쇼커를 능가하는 적, 슈퍼쇼커의 야망! 소중한 추억을 밟아뭉개는 도펀트! 더욱이 거대요새 메카이자와 박력의 배틀을 펼치는 리볼개리등, 머신대전도 발발! 헤이세이의 가면라이더들도 대참전하고, 궁극의 생명체 얼티밋 D와의 결전에 돌입해간다!! 보라, 최강의 파이널 폼 라이드를!!

웨스턴 블록과 이스턴 블록으로 나뉘어 대치 중인 근 미래의 지구. 웨스턴 블록과 이스턴 블록 사이에 위치한 군사경계 지역에는 여러 밀수조직이 불법적으로 인신매매, 장기매매, 밀입국 등을 하고 있다. 이런 암적 비지니스를 소탕하기 위해 웨스턴 블록에서 특수훈련을 받은 사이보그 요원인 ‘밀렌’이 파견된다. 그녀의 코드네임은 009-1. 암적인 밀수조직을 소탕한 009-1에게 웨스턴 블록의 핵심 과학자인 닥터 클레인을 구출하라는 임무가 주어진다. 인질을 구출하기 위해 현장으로 파견된 그녀는 자신보다 더 뛰어난 힘을 가진 사이보그에게 공격을 받게 되는데…

미래에서 온 패러독스 로이뮤드와의 사투 직후, '가족이나 인간이 지닌 특별한 감정'에 더욱 강한 흥미를 느끼기 시작한 체이스는 강도 사건을 저질렀던 로이뮤드 051과 다시 마주쳐 싸움을 벌이던 도중 우연히 현장에 있던 여성 히나코를 말려들게 하여 상처를 입혀버리고야 만다. 남동생 히로시와 둘이서 생활하는 히나코에게서 시지마 남매를 겹쳐본 체이스는 히나코 대신 히로시를 지켜주려하지만, 감정이 없는 탓에 섬뜩한 인상을 심어준 나머지 거절당해버린다. 이에 감정을 지닌 인간이 되고 싶다는 고뇌에 빠진 체이스의 앞에 '감정을 가진 로이뮤드와 인간이 공존하는 세상'을 만드려 하는 초진화태 로이뮤드 엔젤이 나타난다. 엔젤은 황금빛 날개를 이용한 능력으로 체이스에게 인간이 느끼는 감정을 주었고, 그리하여 특상과 일원들을 놀라게 할 정도로 변모한 체이스는 처음으로 싸우는 것 이외에도 감사 받을 수 있다는 기쁨을 알게 된다. 그러나 엔젤이 목표로 하는 세계는 하트나 브렌이 꿈꾸는 이상적인 로이뮤드의 세계와는 달라 인간이 된 체이스 자신을 번민케 만든다. 한편 051이 일으킨 사건을 뒤쫓아 도쿄 근처에 있는 마을과의 경계 지점으로 향한 신노스케 일행은 그곳에서 생각지도 못한 상대에게서 간섭을 받는다. 그 상대는 바로 후토시 초상범죄수사과의 테루이 형사였다.

평범한 고교생으로 지내던 묘코인 게이츠는 유도에서 메달을 따기 위해 훈련에 매달리다, 대회 경기 중 재기 불능의 부상을 당해 선수 생명이 끊긴다. 그곳에 워즈라는 청년이 나타나 게이츠에게 "너를 마왕을 쓰러뜨리는 구세주로 인도하기 위해 왔다. 그렇지 않으면 토키와 소고가 최악의 마왕으로 이름을 떨친다"고 하며 라이드워치와 시공 드라이버를 내민다.