전후, 암시장이 왕성하던 시기, 히로노쇼조와 그의 동료들은 가득한 야심으로 파벌싸움을 일삼는 야쿠자들의 또 다른 전쟁을 마주한다. 야마모리를 보스로 한 새로운 조직에 가입한 일로 쇼조는 도이라는 그의 의형제의 가족과 불화를 빚는다. 하지만 그것은 기사도의 종말이자 위선과 배신, 그리고 피의 암살의 시작에 불과했다.

공해로 인해 일본 각지가 썩어가고 있던 1970년대, 우주에서 날아온 작은 생명체가 일본 연안의 공해물질과 융합해 성장하기 시작한다. 커져가던 생명체는 이윽고 사상 최악의 공해괴수 ‘헤도라’가 되어 각지를 유린한다. 헤도라가 지나가기만 해도 순식간에 백골이 되는 사람들. 모든 생명이 사라질 위기에 처하자 드디어 고지라가 일어선다. 하지만 헤도라의 능력은 고지라 마저 압도하는데…

3인의 사무라이는 방앗간이라는 한정된 공간을 중심으로 이야기가 진행이 된다. 지주의 딸을 납치한 소작농들은 뒷일이 어찌 될지도 모르는 단순 무식한 사고에서 자신들의 처우 개선을 요구한다. 목숨을 담보로 한 처절한 투쟁이었지만 그들은 힘도 지혜도 없다. 단지 그렇게 하지 않고는 더 이상 살아 갈수 없는 처절한 환경 속에서 나름대로 방법이라고 찾은 게 지주 딸을 납치하여 그 딸의 생명을 담보로 잡고 자신들의 생계가 걸린 조항들을 요구하는 것 이었다. 물론 관철시켜 주면 딸을 풀어 주려고 하지만 지주 계급은 이들의 저항을 일거에 무시해 버리고 무력으로 진압하려 한다. 며칠 뒤 영주의 순시가 있을 예정이어서 그 이전에 이 반란 아닌 반란을 진압해야 한다는 강박 관념까지 앞서서 그들은 무리하게 감옥에 수감되어 있던 죄수들에게 미끼를 던져 그들을 해치우게 하는 전략을 쓰지만 투옥되어 있던 죄수 중 하나가 소작농의 처지를 알게 되고는 오히려 그들 편으로 돌아선다. 한편 방앗간을 우연히 들렀던 나그네 무사는 여인을 인질로 잡은 그들을 오해하여 공격하려 하다가 그들의 이야기를 듣고는 참여도 방관도 못하는 입장에 처하지만 딱한 그들의 앞일을 염려하여 떠나지 못하고 합세하게 되고 만다. 보냈던 자객들이 소작농과 무사에게 무참하게 당하고 말자 이번엔 소작농의 가족을 볼모로 그들과 맞서지만 소작농의 가족은 스스로 자결하여 이들의 투쟁을 돕는다. 결국 서로 물러설 길이 없어진 두 세력 간에 화합점이 나온다. 인질을 풀어주는 대신 소작농에게 죄를 묻지 않겠다는 것, 그러나 처벌을 받아야 한다는 것. 그 처벌은 태형 100대였고 소작농에게 가세했던 무사는 싸워봤자 결국 소작농들이 모두 죽고 말 것 이라는 걸 알고 대신하여 그 처벌을 받겠다고 자진하여 나서지만 지주 계급은 무사를 처벌하고 나머지 주동세력을 모두 사살한다. 이에 회의를 품은 지주 측의 고용 무사가 이들에게 반기를 들고 소작농 측으로 가세하여 3명의 무사가 결성되고 이들은 지주가 불러들인 당대의 무사와 대결을 하게 된다.

도망자 신세인 마츠시마 나미는 어떤 계기로 매춘부 베프의 도움을 받게 되고 베프의 남다른 사생활을 알게 되어 마음 아파 한다. 곧 새로운 직장에 취직하여 보금자리도 얻고 조용히 2의 인생을 펼치려는 찰나 나미의 주변인들은 그녀를 도무지 가만 놔두려 하지 않는데..

전쟁 중 아버지를 잔혹하게 살해당한 삼로는 20년 만에 유배지 섬으로 돌아온다. 그는 과거에 노예 부리던 오쿠에와 그의 딸 아야, 배신자 마츠이 등을 만나며 복수심에 휩싸인다. 하지만 결국 오쿠가 과거 가해자 모누마 상등이었음을 알게 되고, 그에게 응징하는 것으로 복수를 마무리 짓는다. 섬에 와서 20년간의 상처를 치유하고 과거를 넘어서게 된 것이다.

종전 직후 히로시마 역전 지역 주도권을 둘러싸고 대립하던 무라오카구미와 오토모렌고우카이가 1952년 경정장 지배권 문제로 다시 대립하게 된다. 이에 가세한 야마나카는 오토모 가츠토키에게 맞서다 부상을 입고 야스코에게 구조된다. 야스코는 무라오카구미 관계자로 야마나카를 가입시킨다. 한편 가츠토키는 무라오카 측근 토키모리를 끌어들여 오토모구미를 결성, 무라오카구미를 공격한다. 이에 무라오카는 야마나카를 오토모구미 잔당 소탕에 내몰아 가츠토키 사건에 연루시키지만, 야마나카가 진실을 알고 반발하자 경찰에 그를 신고한다. 구속된 야마나카가 나중에 가출해 무라오카를 공격하려 하자 스스로 목숨을 끓게 된다. 야마나카 장례식에 모인 야쿠자들은 그를 '의리의 거울'이라 추모하지만, 히로노부는 허무함만 느낄 뿐이었다.

1960년대 히로시마 무라오카 조직의 실력자 스기하라가 살해되면서 후계자 문제로 치열한 내분이 벌어진다. 야마모리와 우치모토가 서로 명석회, 신와회 등 외부 세력을 끌어들여 히로시마 지배권을 다투게 된다. 히로노부는 두 파벌 사이에서 영리하게 행동하며 실리를 취하지만, 결국 야마모리 측에 의해 축출당한다. 이렇게 하여 명석회가 히로시마에 발을 디디게 되고, 야마모리조직과 신와회의 대립 구도가 완성되는 등 격렬한 히로시마항쟁사건이 전개된다.

1963년 봄, 히로시마에서 명석구미와 신와카이 사이의 대리전 양상을 보이며 격렬한 내전이 벌어졌다. 명석계 우치모토카이(히로시마)와 히로노부구미(쿠레), 신와카이계 야마모리구미(히로시마) 간 대립이 첨예화되자 경찰이 폭력단 척결 '정상작전'을 펼쳤다. 이 와중에 히로노부구미와 야마모리 산하 우시마조직 간 대립도 심화되어 충돌과 보복 살인이 이어졌다. 우치모토카이 측도 오카지마 친구회 지원을 받아 야마모리구미를 공격했고, 결국 상호간 폭력적 대립으로 이어져 시민 공포가 극에 달했다. 경찰은 간부 일제 검거에 나섰고 야마모리 등이 체포되자, 오카지마구미는 명석구미와 함께 신와회 세력을 공략하며 내전 양상이 서일본 전역으로 확대됐다. 이 과정에서 17명의 사망자와 20여 명의 부상자가 발생하는 참혹한 사태가 벌어졌다.