카라쿠라 고등학교 학생인 이치고와 귀신 친구 루키아는 정체 모를 영혼이 마을로 내려오자 공포를 느낀다.

10년전 원인 불명의 대화재로 인해 후유키 시는 참상을 겪었다. 그 화재의 원인이 '성배전쟁'이라 불리는 마술사들의 싸움이었다는 사실을 알고 있는 자는 극히 적다. 손에 넣은 자의 소원을 이루어 준다는 성배. 후유키 시의 관리를 맡고 있는 명문 마술사 가문인 토오사카 가의 젊은 당주 토오사카 린은 10년 전의 성배전쟁에서 아버지를 잃고, 다음엔 반드시 이기겠노라 다짐하며 준비를 갖추고 서번트 소환을 실시한다.

풋내기 닌자인 우즈마키 나루토는 하다케 카카시 선생의 밑에서 수많은 임무를 수행한다. 명문가의 아들 사스케와 반의 유일한 홍일점 사쿠라와 함께 새로운 임무를 맡은 나루토는 유키노쿠니로 향하여 영화배우 후지카제 유키에를 경호하는 임무를 맡게 된다. 그러나 유키에는 촬영장을 맘에 들어하지 않고, 나루토 일행은 그런 유키에를 달래어 다시 유키노쿠니로 데려간다. 하지만 그곳에는 유키에를 공격하기 위해 닌자들이 숨어 있었는데...

성악설과 성선설의 진부한 논쟁...나뭇잎 마을이 정체불명의 공병단의 공격을 받는다. 하늘은 나는 닌자들로 구성된 공병단은 놀랍게도 멸망한 것으로 알려져 있던 하늘의 나라 닌자들. 예기치 못한 공격에 나뭇잎 마을은 초토화 일보 직전까지 가고 5대 호카게 츠나데는 닌자들을 소집해 하늘의 나라 닌자들에 대항한다. 나루토 또한 전투에 참가하기 위해 가던 중 부상당한 나뭇잎 마을 사람들을 치료해주고 있던 떠돌이 의사 신노와 맞닥뜨리게 되는데...

에인즈워스와의 격투로부터 잠깐의 휴식. 미유를 구출한 이리야일행은 평행세계의 에미야 시로로부터 미유의 과거, 이 세계에서 일어난 성배전쟁을 알게 된다. 그것은 미유의 슬픈 운명이며, 미유를 위하여 오빠의 사랑이 목숨을 걸고 걸었던 장렬한 싸움의 이야기였다. 인류의 구제를 위해 미유를 희생하는 에인즈워스. 미유를 위해 세계의 적이 되기로 결정한 시로. 용납할 수 없는 두 정의에 모든 것을 지키겠다고 다짐하는 이리야. "도와줄게. 나는 모두가 살아날 수 있는 길을 찾기로 결심했으니까!" 소중한 사람들과 함께 웃을 수 있는 내일을 만들기 위해서. 마법소녀들의 싸움이 다시 시작된다...!

십 수년 전. 수수께끼의 닌자 가면 남자에 의해 거대한 마수 구미가 풀려나고 만다. 구미에 쫓겨 괴멸 위기에 처한 나뭇잎 마을. 마을을 지킬 수 있는 방법은 단 한가지. 리더인 4대 호카게 미나토와 아내 쿠시나가 함께 막 태어난 아들 나루토의 몸에 구미를 봉인하는 것 뿐. 자신의 생명을 희생한 두 사람에 의해 가까스로 마을은 구해지고, 그 미래는 나루토에게 맡겨지게 되는데. 시간은 흘러, 죽은 줄로 알고 있던 멤버까지 합세해 아카츠키가 나뭇잎 마을을 습격한다. 그런데 이상하게도 아카츠키는 별다른 반격도 없이 물러난다. 사투를 끝낸 나루토는 갑자기 나뭇잎 마을에 모습을 드러낸 가면 남자로부터 습격을 받는다. 사쿠라와 나루토는 가면 남자의 동술에 당해 정신을 잃게 된다. 그런데 눈을 뜬 두 사람 앞에 펼쳐진 나뭇잎 마을이 평소와 다르다는 것을 깨닫는다. 카카시나, 츠나데, 제7반의 멤버, 언제나 함께한 동료들이 마치 다른 사람인 것처럼 변해 있는 것이 아닌가. 게다가 사스케까지 마을에 돌아와 있다. 더 놀라운 것은 죽은 나루토의 부모 미나토와 쿠시나가 살아 있는 것!! 도대체 무슨 일이 일어 난 걸까? 갑자기 눈앞의 현실이 변해버리고 만 것에 대해 당혹해 하는 나루토와 사쿠라. 하지만 나루토는 부모와 만날 수 있게 되었다는 기쁨을 감출 수가 없다. 한편, 이 세계는 또 한번 가면 남자에 의해 존망의 위기를 맞게 된다. 구미의 힘을 노리는 가면 남자. 또 한번 나뭇잎 마을에 멸망의 위기가 찾아오게 되는데…과연, 나루토는 가면 남자로부터 세계를 지켜낼 수 있을까?

흉악한 죄인들은 지옥의 영원한 감옥을 탈출하기로 하고, 사신 대행인 이치고가 자유의 열쇠임을 알게 된다. 죄인들은 공격을 개시하고 이치고의 여동생을 납치한다.

마술사 "마스터"와 영령 "서번트"가 모든 소원을 이뤄주는 「성배」를 둘러싸고 싸우는 「성배전쟁」이 벌어진 지 10년. 지난 「성배전쟁」의 참가자인 에미야 키리츠구의 양자, 에미야 시로는 그를 연모하는 소녀, 마토 사쿠라와 함께 평온한 나날을 보내고 있었다. 그러나 「성배전쟁」은 다시 시작되고 곳곳에서 벌어지는 살인사건으로 후유키 시는 불온한 기운에 휩싸인다. 시로는 사쿠라를 자기 집에 머물게 하기로 결정하고, 자신이 소환한 서번트인 세이버와 함께 마술사인 토오사카 린과 동맹을 맺고 「성배전쟁」에 나서기로 결심하는데... 하지만 이 싸움은 암약하는 자들에 의해 크게 일그러지기 시작한다.

10년 만에 후유키시에서 시작된 [성배전쟁]은 이 전쟁의 3대 가문인 마토 가문의 당주 마토 조켄의 참전으로 인하여 일그러지고, 뒤틀리고, 어긋나 버렸다. 마스터로서 싸움에 가담한 에미야 시로도 부상을 입고 서번트인 세이버마저 잃어버렸지만, 그는 마토 사쿠라를 지키기 위해 싸움에서 물러나지 않는다. 하지만 그녀 또한 마술사의 숙명에 사로잡히는데...

거대한 전설을 넘어설 새로운 시대가 시작된다! 지켜야 하는 소중한 가치를 위해 닌자는 강해진다! 그리고 지금, 역대 최강! 사상 최대! 대격돌이 펼쳐진다! 오랜 세월에 걸친 전쟁이 끝나고 고도성장을 이룬 새 시대, 평화의 시대를 이끌고 있는 것은 전설이 된 7대 호카게 우즈마키 나루토다. 분신술로도 감당하지 못할 만큼 바쁜 나날을 보내는 중에 나뭇잎 마을에서는 다섯 마을 통합으로 개최되는 중급닌자 선발시험이 한창이다. 각 마을을 대표하는 3인 1조의 하급 닌자들! 사스케의 딸이자 나루토를 동경하는 사라다와 수수께끼를 지닌 우수한 닌자 미츠키, 그리고 재능을 갖췄으면서도 나루토를 망할 아빠 취급하는 보루토도 참가 중이다. 마을의 영웅이지만 너무나 바쁜 아버지가 늘 미웠던 보루토는 ‘나루토의 유일한 라이벌’인 사스케의 제자가 되어 아버지를 놀라게 하는데… 마지막 개인전이 치뤄지던 그 순간! 차크라콜렉터 모모시키와 킨시키가 나타나 나루토의 차크라를 노리며 공격해온다! 나루토는 필사의 각오로 사람들을 구하지만 모모시키의 술법에 이공간으로 사라지고 만다. 그제서야 아버지의 걸어온 길과 그 무게를 느낀 보루토는 스승인 사스케, 다섯 카게들과 아버지를 구하기 위한 길을 나선다!

세계가 멸망하는 것을 막을 수 있는 건 '성배'인 사카츠키 미유가 희생하는 것뿐이었다. 미유가 아닌 세계를 살려야 한다고 말하는 줄리안 에인즈워스에게 이리야스필 폰 아인츠베른은 둘 다 구하겠다고 대답한다. 그리고 이리야 일행은 시로와 미유가 자랐던 집에서 생활하게 된다. 시로가 미유와 함께 살았던 이유는 어떤 소원이라도 이루어줄 수 있는 '신의 아이'였던 미유를 키리츠구가 집으로 데리고 왔기 때문이었다. 하지만 여동생 미유를 되찾기 위해 줄리안이 나타나는데.

왕족의 보물을 도난당했다! 도둑들을 쫓아간 뒤로 종적을 감춘 히쓰가야 도시로. 반역자로 낙인찍힌 것도 모자라 상황은 점입가경으로 치닫는데. 이제 어떤 일이 벌어질 건가.

마술사 '마스터'와 영령 '서번트'가 모든 소원을 이뤄주는 '성배'를 둘러싸고 싸우는 '성배전쟁'. 하지만 그 싸움은 일그러져 있었다. 마토 사쿠라는 자신이 저지른 죄와 함께 마키리의 잔으로서 각성하여 깊은 어둠 속에 빠지고 말았다. 그런 사쿠라를 지키겠다고 맹세한 소년, 에미야 시로는 토오사카 린과 함께 사쿠라를 어둠 속에서 구하고 일그러진 '성배전쟁'을 끝내기 위해 자신의 몸을 돌보지 않고 가혹한 싸움에 몸을 던진다. 소년의 소망은 소녀에게 닿을 것인가. 끝을 향해 달려가는 '성배전쟁' 최후의 싸움이 드디어 시작된다.

19세기 영국. 명문귀족 팬텀하이브 가문의 집사 세바스찬 미카엘리스는 13살의 주인, 시엘 팬텀하이브와 함께 '여왕의 번견'으로서 뒷사회의 일을 처리하고 있었다. 어느 날, 시엘과 세바스찬은 '죽은 자를 소생시킬 수 있다'는 소문을 듣게 된다. 그들은 소문의 진위를 밝히기 위해 호화 여객선 캄파니아 호에 올라 타게 되는데… 과연, 그들을 기다리고 있는 것은...?

한때 세계를 수 많은 위기에서 구한 9명의 전사, 009 사이보그는 세계전쟁이 종결 후 평화를 대가로 활동을 중단 각기 고국으로 귀환했다. 그 중 리더인 009 ‘죠’는 과거의 기억을 봉인 된 채 살아가야만 했다. 그러나 전세계에 초고층타워 연쇄 폭파 테러 사건이 일어나 보이지 않는 충격과 공포에 휩싸이고 세계전쟁 도래의 위기가 닥쳐온다. 더 이상 환영 받지 못하는 009 사이보그 멤버들은 과연 무사히 조우할 수 있을까?

정체 모를 누군가에게 어머니가 살해당한 후 ‘신성 브리타니아 제국’에서 쫓겨난 황태자 를르슈. 그는 신성 브리타니아 제국에 점령 당한 일본 - 에어리어 11에서 그 정체를 숨기면서 살고 있다. 어머니를 죽게 하고, 여동생 나나리의 눈과 다리의 자유를 빼앗은 신성 브리타니아 제국이 전복되면서 수수께끼의 미소녀 C.C.가 나타나고, 를르슈는 그 야망을 실현하기 위해 움직인다.

정체 모를 누군가에게 어머니가 살해당한 후 ‘신성 브리타니아 제국’에서 쫓겨난 황태자 를르슈. 그는 신성 브리타니아 제국에 점령 당한 일본 - 에어리어 11에서 그 정체를 숨기면서 살고 있다. 어머니를 죽게 하고, 여동생 나나리의 눈과 다리의 자유를 빼앗은 신성 브리타니아 제국이 전복되면서 수수께끼의 미소녀 C.C.가 나타나고, 를르슈는 그 야망을 실현하기 위해 움직인다.

나루토와 사스케가 인연의 대결을 결판 지었던 2년 후 아직 전하지 못한 마음, 그 숨겨온 마음의 행방은…? 전쟁이 끝나고 평화로운 나뭇잎 마을. 나루토는 이제 전쟁 영웅이 되어 마을의 인기를 한 몸에 받는 인기남이 되어 있다. 그런 나루토를 바라보는 히나타는 자신의 마음을 전하기 위해 남몰래 짠 목도리를 나루토에게 전하고 싶지만 아직 전하지 못하고 있다. 그때 갑자기 의문의 남자가 나타나고, 그는 “너희는 곧 멸망할 운명이다. 그 전에 히나타, 널 꼭 맞이하러 오지.”라는 기묘한 말을 남긴 채 사라진다.  육도선인의 동생은 달에 쫓겨가 살고 있는데 그의 후손인 오오츠키 토네루는 권력 암투와 대결에 집중하는 지구를 보고 육도선인의 지구는 이미 실패했다고 생각한다. 이제 토네루는 달과 지구를 충돌시켜 지구를 폭파하려고 하는데… 의문의 남자 정체는 차크라의 시초이자 과거에 나루토, 사스케와 사투를 벌였던 오츠츠키 카구야의 후손. 괴뢰군을 거느린 토네리가 나타나 압도적인 힘으로 나루토 일행을 물리치고, 히나타는 결국 그의 손에 넘어간다. 그 무렵 지상에서는 쏟아지는 운석을 막는 장렬한 방어전이 한계에 다다르고 있다. 마침내 드러난 ‘진정한 최종 계획’이란?! 다가오는 지구 최후의 날, 저마다 굽힐 수 없는 마음이 시간을 초월하여 격돌한다!

서기 2114년, 100년 전에 수전전대 쿄류저에 의해 쓰러진 데보스 군이 부활했다. 과거 데보스 군의 일원이었던 캔드릴라와 그 부하 라큘로는 데보스 군의 부활을 감지하고 새로운 수전전대 결성을 생각하지만, 캔드릴라의 적당한 성격이 화근이 되어 100년 전 쿄류저의 후손으로 보이는 인물 6명의 사상 최약체 브레이브 팀이 탄생하고 만 것이었다.