어느 마을을 지나가던 리나와 나가는 죤 플레어라는 드래곤과 마레네라는 소녀로부터 습격을 받는다. 그러나 리나의 마법으로 간단히 물리치자 이를 지켜보던 병사들은 리나를 성으로 모시고 간다. 성으로 향한 리나는 나가가 보이지 않는 것을 알게되고 나가를 찾아나선다. 알고보니, 나가는 마레네의 웃음이 완벽하지 않다며 마레네의 뒤를 쫓아다니다가 결국 그녀의 부하가 되고 말았던 것. 이로 인해 리나와 나가는 또다시 싸우게 된다. 그런데 리나는 그런데 마레네 뒤에서 웃고 있는 가이즈노의 정체를 의심하기 시작하는데...

어느 날 탐정사무소로 걸려온 폭탄 테러 예고 전화. 유명한 탐정을 도발하듯 그의 눈앞에서 자동차가 폭파되고 범인은 수수께끼와도 같은 암호를 남긴다. 절박한 상황에서 홀로 암호를 풀어낸 코난의 활약으로 대형 참사는 겨우 막지만 축구 경기장의 대형 전광판에 숨겨져 있던 폭탄이 결국 폭발하고 범인을 잡는데는 결국 실패하고 만다. 그리고 또 다시 도전장과 같은 수수께끼의 암호가 유명한 탐정에게 배달되는데…도대체 다음 목표는 어디이며 누가 범인인 것인지, 그리고 왜 범인은 유명한 탐정을 노리는 것인가!? 축구계 전체를 둘러싼 음모와 위협 속에서 암호를 해독하고 진실을 밝혀라!

경찰에 잠입한 누군가에 의해 유출된 N.O.C리스트. 그리고 전 세계 스파이들이 연이어 제거되는 사건이 발생한다. 한편, 코난과 친구들은 새로 개장한 수족관에서 우연히 의문의 여인과 마주친다. 두 눈의 색이 다른 ‘오드아이’인 그녀는 상처투성이인 온 몸에, 자신의 이름도 기억하지 못하는 상태. 그녀가 잃어버린 기억을 되찾을 수 있게 도와 주던 코난은 심상치 않은 기운을 느끼고, FBI, 경찰, CIA가 모두 그녀를 쫓고 있음을 알게 된다. 여기에 베일에 싸여 있는 검은 조직마저도 정체를 드러내고 그 여인을 쫓는데… 잃어버린 기억 속 숨겨진 비밀을 찾아, 그들이 움직인다!

국제 정상회담 개최지 ‘엣지 오브 오션’에서 발생한 대규모 폭발 사건! 사건 현장에서 발견된 지문으로 유력한 용의자가 된 모리 코고로는 긴급 체포된다! 하지만, 이후에도 도심 곳곳에서는 원인을 알 수 없는 폭발 사건이 이어지고, 극도로 은밀히 움직이는 아무로 토오루의 기묘한 행동에 코난은 의문을 품기 시작하는데…

누베 선생의 반에 온 전학생 준. 친구가 없어 외로운 준은 거울 속의 광대가 준 가면을 쓰고 예언을 하여 일약 반의 인기인이 된다. 하지만, 그 기분나쁜 예언 덕분에 반대로 준은 고립되기 시작한다. 그리고 준을 거울의 세계에 가둔 광대는 누베의 소중한 학생들을 조종해서 누베를 덮치기 시작한다!