나나하라 슈야와 나카가와 노리코가 BR 법에서 살아남은지 3년의 시간이 흘렀다. 테러의 시대로 접어든 세상에서 사람들은 BR 법을 시행한 국가에 대항하여 수도를 파괴하고, 이에 정부는 나나하라를 테러리스트의 중심 인물로 지명수배한다. 반BR법 조직인 '와일드 세븐'의 리더가 된 나나하라는 자신을 사지로 몰아넣었던 어른들을 상대로 선전포고를 하고, 정부는 다시 BR II 라는 법을 제정하여 또 다른 중학교 3학년생들에게 강제로 군복을 입힌다. BR II는 제한 시간 3일 내에 2명씩 태그 매치를 이루어 나나하라를 발견하여 죽이면 승리하는 것이다. 상대가 학생들이라는 것을 모르는 와일드 세븐은 다시 어른들에 의해 서로가 서로를 죽이게 되는데...

극심한 사회혼란을 겪고 있는 일본. 학급붕괴와 범죄에 노출된 청소년들을 강력한 생존 능력의 소유자로 만들기 신세기교육개혁법(BR법)이 공표된다. BR 법은 전국의 중학교 3학년 중에서 매년 한 학급을 행동범위가 제한된 일반인이 없는 장소에 이송하여 지도와 일정의 음식, 그리고 여러 가지 무기를 나눠 주고, 마지막 한 사람이 남을 때까지 서로 죽이게 한다는 법률. 제한 시간 3일 동안 위법 행위에 구애받지 않고 서로를 죽여야 한다. 수학여행을 위장하여 무인도에 도착한 학생들은 마치 게임처럼 진행되는 상황에 경악하지만, 생존을 위해 결국 서로의 목숨을 빼앗기 시작한다.

열혈 쿵푸 소녀와 어둠의 세력! 피할 수 없는 그들의 한.판.승.부! 중국 소림무술학교에서 수련을 마친 열혈 쿵푸 소녀 ‘린’(시바사키 코우). 절대 무공의 소림 권법을 전파하겠다는 부푼 꿈을 안고 고향으로 돌아오지만 꿈을 이루는 과정은 험난하기만 하다. 할아버지가 운영하던 소림 도장은 이미 폐허가 되어 있고, 자신의 옛 스승조차 소림권을 잊고, 중국집을 운영하며 평범한 삶을 살고 있었던 것. 하지만 결코 포기할 수 없었던 린은 우연히 친구 ‘밍밍’(장우기) 때문에 ‘라크로스’라는 독특한 스포츠를 알게 되고 라크로스와 소림권을 합친다는, 아무도 상상할 수 없었던 색다른 방법을 시도한다. 그리고 린은 친구 밍밍, 라크로스 부원들, 중국집 점원 콤비 ‘틴’(전계문), ‘람’(임자총)과 함께 소림권 전파에 힘쓴다. 그러던 중, 그녀 안에 숨겨져 있는 가공할만한 위력을 느낀 어둠의 세력(나카무라 도오루)이 린에게 접근하는데…

가면라이더부의 비밀장소, 레빗 해치에 한 여성이 방문한다. 그녀는 ‘외우주 기술개발 기구’의 비서, ‘배시연’. 그녀는 지구를 위기에서 구해달라고 애원한다. 자세한 사정을 알기 위해 본부장을 찾아간 가면라이더부 부원들. 가는 도중 공격을 받지만, 포제와 메테오의 활약으로 무사히 본부장, ‘사강진’을 만나게 된다. 그는 미완성의 위성병기, ‘XVII’가 완성되기 전에 폭파시켜줄 것을 부탁한다. 그러나, 포제와 메테오만으로는 역부족인 상태. 때문에 가면라이더부 부원 전체가 우주적응 훈련을 받고, 함께 엑소더스에 오르게 되는데….

2009년, 세계 각지에서 테러가 다발. 일본정부는 대 테러조직으로 쉐이드를 창설. 여러 분야의 정예가 모여, 상당한 효과를 올렸다. 그러나, 인간을 세뇌하고 육체를 병기화 하는 개조실험이 발각되어 조직은 해산, 그 조직의 창시자인 도쿠가와 세이잔도 체포되었다. 그리고 창설 50주년 행사가 진행되고 있는 TV 아사히 방송국에 쉐이드가 침입, 200여명을 인질로 잡고 생방송중인 스튜디오에서 인질과 도쿠가와 세이쟌의 교환을 일본정부에게 요청하는데...

막부시대에 쇼군의 동생이자 포악한 영주인 나리츠구를 암살하기 위해 쇼군의 최측근인 도이의 요청으로 신자에몬을 중심으로 13인의 자객이 모인다. 그들은 나리츠구가 에도에서 돌아오는 길에 거사를 행하기로 한다. 그러나 나리츠구의 경호대장 한베이 역시 신자에몬의 계획을 눈치채고, 그에 대한 대비책을 세운다.

웨스턴 블록과 이스턴 블록으로 나뉘어 대치 중인 근 미래의 지구. 웨스턴 블록과 이스턴 블록 사이에 위치한 군사경계 지역에는 여러 밀수조직이 불법적으로 인신매매, 장기매매, 밀입국 등을 하고 있다. 이런 암적 비지니스를 소탕하기 위해 웨스턴 블록에서 특수훈련을 받은 사이보그 요원인 ‘밀렌’이 파견된다. 그녀의 코드네임은 009-1. 암적인 밀수조직을 소탕한 009-1에게 웨스턴 블록의 핵심 과학자인 닥터 클레인을 구출하라는 임무가 주어진다. 인질을 구출하기 위해 현장으로 파견된 그녀는 자신보다 더 뛰어난 힘을 가진 사이보그에게 공격을 받게 되는데…