내게 사람의 마음을 읽을 수 있는 능력을 주세요!! 학교에서 벌어지는 알 수 없는 사건들! 과연 그들의 운명은? 카마쿠라에 살고 있는 중학생 켄지는 같은 반 여학생 카호리를 짝사랑한다. 켄지의 단짝인 나츠키도 켄지를 어렸을 때부터 좋아했지만 그런 진심을 켄지에게 털어 놓진 못하고 있다. 켄지와 나츠키는 서로 엇갈린 감정속에 아무일 없는듯 지내지만 켄지가 카호리를 좋아하는 걸 알게 된 나츠키는 가슴이 아프지만 어쩔 수 없이 카호리를 향한 켄지의 짝사랑을 응원해 준다. 그러던 어느 날 켄지의 반에 쿄고쿠라는 남자애가 전학을 오게 된다. 무엇인가 비밀을 간직한 신비스러운 매력을 가진 쿄고쿠에게 카호리는 점점 마음이 끌려가게 되는데 쿄고쿠가 전학을 오면서 학교 내에서는 알 수 없는 일들이 벌어지게 된다. 이윽고 이 네 사람의 운명은 어떤 한 사건을 계기로 돌이킬 수 없는 상황으로 전개되는데...

교토에 사는 내향적인 중학생 텐도 준은, 뜻밖의 일로 1200년 이전의 헤이안 시대에 타임슬립해 버린다. 거기에는 사람들이 두려워하는 '귀신'이라는 존재가 있었다. 준은 스님인 켄도에 의해 이끌려, 귀신과 싸우는 동안 귀신의 정체를 알게 되고 또한 자신의 출신 경위를 알게 된다. 그리고 진정으로 싸워야 할 상대가 누구인가를 깨달은 준은, 귀신들과 함께 목숨을 건 싸움을 건다.

자존심을 건 격투! 탈옥인가! 죽음인가! 나루토 최대의 위기, 최강의 격투! 모함을 당해 알 수 없는 죄명으로 붙잡힌 ‘나루토’는 한 번 수감되면 평생 탈옥할 수 없는 귀등성(호오즈키성)으로 보내진다. ‘블러드 프리즌’이라고 불리는 닌자들의 감옥, 귀등성의 성주인 ‘무이’는 나루토의 몸에 ‘천뢰’라는 금고술을 새기며 닌자의 힘을 봉인한다. 무이를 해치우면 천뢰가 사라질 것이라는 누군가의 말에 나루토는 탈출을 감행하며 무이를 없애려 하지만 번번히 실패하고, 목숨의 위협까지 받게 된다. 결국 무고함을 알리기 위해 목숨을 건 극단적인 탈출을 하려던 나루토를 의문의 닌자 류제츠가 구해주게 되고, 나루토는 류제츠에 의해 귀등성의 비밀을 알게 된다. 어떤 소원이든 이루어주는 ‘극락의 상자’ 비밀을 가지고 있는 귀등성. 귀등성의 호오즈키는 ‘꽈리’… 그 꽃말은 ‘거짓말’! 진실과 거짓이 엇갈리고 블러드 프리즌에 감춰진 비밀이 밝혀지는 순간, 자존심을 건 닌자들의 최후의 격투가 시작된다!

거대한 전설을 넘어설 새로운 시대가 시작된다! 지켜야 하는 소중한 가치를 위해 닌자는 강해진다! 그리고 지금, 역대 최강! 사상 최대! 대격돌이 펼쳐진다! 오랜 세월에 걸친 전쟁이 끝나고 고도성장을 이룬 새 시대, 평화의 시대를 이끌고 있는 것은 전설이 된 7대 호카게 우즈마키 나루토다. 분신술로도 감당하지 못할 만큼 바쁜 나날을 보내는 중에 나뭇잎 마을에서는 다섯 마을 통합으로 개최되는 중급닌자 선발시험이 한창이다. 각 마을을 대표하는 3인 1조의 하급 닌자들! 사스케의 딸이자 나루토를 동경하는 사라다와 수수께끼를 지닌 우수한 닌자 미츠키, 그리고 재능을 갖췄으면서도 나루토를 망할 아빠 취급하는 보루토도 참가 중이다. 마을의 영웅이지만 너무나 바쁜 아버지가 늘 미웠던 보루토는 ‘나루토의 유일한 라이벌’인 사스케의 제자가 되어 아버지를 놀라게 하는데… 마지막 개인전이 치뤄지던 그 순간! 차크라콜렉터 모모시키와 킨시키가 나타나 나루토의 차크라를 노리며 공격해온다! 나루토는 필사의 각오로 사람들을 구하지만 모모시키의 술법에 이공간으로 사라지고 만다. 그제서야 아버지의 걸어온 길과 그 무게를 느낀 보루토는 스승인 사스케, 다섯 카게들과 아버지를 구하기 위한 길을 나선다!