"새벽의 봉기" 이후 지구로 향한 샤아는 신비한 힘을 지닌 소녀 라라아 슨과 만난다. 한편 RX-78개발 계획을 추진하던 아무로의 아버지 템 레이는 지온의 모빌 슈트 개발의 중요 인물 미노프스키 박사의 망명 소식을 듣고 달로 향한다. 달 표면 트와일라잇 존에서 벌어지는 인류사상 최초의, 모빌 슈트 간의 사투, 그리고 때는 우주 세기 0079년 지구에서 가장 먼 우주 도시 사이드 3은 지온 공국이란 이름 하에 지구 연방 정부에 독립 전쟁을 벌이고 있다. 인류 전체 인구 절반을 죽음에 이르게 한, 동란의 시대가 시작되려 하고 있다.

도쿄 긴자에서 이시카와 고에몽 사망 400주년 기념 가부키 공연을 보면서 눈물(...)을 흘리던 고에몽은 자신의 참철검을 노리는 닌자들의 습격을 받는다. 근처 오락실에서 인형뽑기를 하던 루팡 역시 닌자들의 습격에 휘말리자, 배후에 홍콩 마피아의 대부 친친추(CV. 타키구치 준페이)가 있음을 직감하고 가장 무도회에 참석해서 접촉한다. 친친추는 타이타닉 침몰 당시에 유실된 작은 용 조각상을 찾는데 혈안이 되어 있었다. 한편 고에몽은 동문이었던 키쿄우(CV. 마츠이 나오코)의 도움을 받게 되고, 이후 자신이 상대했던 닌자들의 습격을 이끌었던 자객의 이름이 겐사이(CV. 긴가 반조)였음을 알게 된다. 결국 어쩔 수 없이 루팡, 지겐, 고에몽, 후지코 일당은 용 조각상 안에 잠든 최강의 만능 합금 제조법을 얻고자 모험에 뛰어든다.