고스트 헌터를 목표로 하는 주인공, 텐쿠지 타케루. 죽은 아버지가 보내온 수수께끼의 눈알 아이템 "고스트 아이콘(안혼)"을 손에 넣지만, 아이콘을 노리는 이세계의 괴물 "안마"에 의해 살해당하고 말았다. 소꿉친구인 아카리를 구하기 위해 싸울 결의를 다진 타케루는 불가사의한 선인의 힘에 의해 가짜 목숨을 받아 아이콘을 변신벨트 "고스트 드라이버"를 장비하여 "가면라이더 고스트"로서 되살아난다. 이 세계에 머무르는 것이 가능한 시간은 99일. 모으면 소원을 이뤄준다고 하는 "15의 위인"의 아이콘을 모아, 타케루는 이윽고 다가오는 세계의 운명을 좌우하는 싸움에 몸을 던지는 것이었다.

타키야 겐지는 세리자와를 이겼지만 세리자와는 타키야 겐지를 인정하지 못하고 서로 신경전을 펼치는 중, 2년 전 비토 마키오를 죽인 카와니시 노보루가 출소하며 스즈란 고교와 호센 고교의 휴전은 깨진다. 스즈란을 쓰러트리기 위해 호센 고교는 계속 도발을 해 오고 스즈란을 지키기 위해 타키야 겐지는 마침내 결심을 하는데...

메가헥스는 사이버로이드 ZZZ의 보디와 융합하는 것으로, '궁극의 기계생명체 ZZZ 메가 헥스'가 되었다. 지구가 융합 되어가는 도중, 드라이브와 아머드 라이더가 합류한다. 하지만 ZZZ 메가 헥스는 그들의 앞에 의외의 존재를 출현시켰다. 마침내 시작되는 인류의 미래를 건 최종결전. 그 무대는 놀랍게도 우주! 형사 라이더와 과일 라이더가 힘을 합치는 순간, 기적의 빛이 은하를 비춘다-!!

시민을 지키기 위해 오늘도 싸움을 계속하는 가면라이더 드라이브(토마리 신노스케). 하지만 그 앞에 토마리 신노스케를 '아버지'라고 부르는 청년이 나타난다. 그의 이름은 토마리 에이지. 미래에서 찾아온 에이지의 목적은 아버지, 토마리 신노스케에게 보내는 경고였다. 2015년 8월 5일, 벨트 씨(드라이브 드라이버)가 폭주해 그것을 계기로 1년 후에는 로이뮤드가 세계를 정복하고 만다는 것이다. 신노스케는 그것을 믿지 못했지만 에이지의 예언대로 드라이브 드라이버에 이상이 발생, 그 대규모의 파괴 행위로 시민의 영웅 가면라이더 드라이브는 전국 지명수배범이 되었다. 크림 스타인벨트의 드라이브 시스템 그 자체가 사실은 인류멸망을 위해 짜인 프로그램이었다는 충격적인 사실과 함께 미래에서 에이지를 쫓아온 넥스트라이도론에 탑승한 수수께끼의 전사 가면라이더 다크 드라이브가 출현! 압도적인 파워에 마하와 체이서는 패배한다. 일찍이 없던 강대한 적, 다가오는 최악의 미래... 여태까지 어떤 때에도 같이 싸워 온 '파트너'는 인류 최대의 위협이 됐다. 남은 길은 단 하나, 자신의 손으로 '파트너'를 처리할 수 밖에 없다. 미래를, 인류를 지키기 위해 결단을 강요받은 신노스케는 결국 그 손으로 드라이브 드라이버를...!

미래에서 온 패러독스 로이뮤드와의 사투 직후, '가족이나 인간이 지닌 특별한 감정'에 더욱 강한 흥미를 느끼기 시작한 체이스는 강도 사건을 저질렀던 로이뮤드 051과 다시 마주쳐 싸움을 벌이던 도중 우연히 현장에 있던 여성 히나코를 말려들게 하여 상처를 입혀버리고야 만다. 남동생 히로시와 둘이서 생활하는 히나코에게서 시지마 남매를 겹쳐본 체이스는 히나코 대신 히로시를 지켜주려하지만, 감정이 없는 탓에 섬뜩한 인상을 심어준 나머지 거절당해버린다. 이에 감정을 지닌 인간이 되고 싶다는 고뇌에 빠진 체이스의 앞에 '감정을 가진 로이뮤드와 인간이 공존하는 세상'을 만드려 하는 초진화태 로이뮤드 엔젤이 나타난다. 엔젤은 황금빛 날개를 이용한 능력으로 체이스에게 인간이 느끼는 감정을 주었고, 그리하여 특상과 일원들을 놀라게 할 정도로 변모한 체이스는 처음으로 싸우는 것 이외에도 감사 받을 수 있다는 기쁨을 알게 된다. 그러나 엔젤이 목표로 하는 세계는 하트나 브렌이 꿈꾸는 이상적인 로이뮤드의 세계와는 달라 인간이 된 체이스 자신을 번민케 만든다. 한편 051이 일으킨 사건을 뒤쫓아 도쿄 근처에 있는 마을과의 경계 지점으로 향한 신노스케 일행은 그곳에서 생각지도 못한 상대에게서 간섭을 받는다. 그 상대는 바로 후토시 초상범죄수사과의 테루이 형사였다.

체이스가 소멸하고 나서부터 수년 후… 사람들의 기억 속에서 로이뮤드들의 위협이 잊혀져 갈 무렵, 로이뮤드의 리더였던 하트가 되살아난다. 더구나 하트의 체내엔 브렌과 메딕의 코어가 담겨있었다. 같은 시각 로이뮤드와 매우 흡사한 괴물이 출몰해 시민을 습격하는 사건이 발생하자, '이제 와서 미련에 사로잡혀 배회하며 인간을 해하는 로이뮤드는 보고 싶지 않다'고 생각한 하트는 직접 옷타 경부의 수사에 협력한다. 그리고 로이뮤드로 추정되는 괴물에게 습격당한 시민들이 모두 수년 전 로이뮤드에게 카피당했던 사람들임이 판명, 메딕이 카피하였던 하토리 미스즈도 수수께끼의 괴물에게 위협당한다. 마치 로이뮤드들의 집합체 같은 모습을 한 괴물의 넘버는 무려 '5886'...?[4] 하트는 괴물의 넘버와 모습에서 괴물이 가진 무서운 목적과 정체를 알아채지만, 로이뮤드로서의 진정한 힘을 되찾지 못하여 고전을 면치 못한다. 그런 하트의 앞에 토마리 신노스케가 나타나는데.....