때는 198X년 미국은 적국에서 발사되는 전략핵미사일을 대기권 밖에서 격추시킬수 있는 요격용 레이저탑재 위성이 발사됩니다. 그리고, 이 위성을 우주왕복선 알바트로스호가 서포트하였고 여기에는 바트케인 박사와 여동생인 롤러 그리고 일본인 과학자 미쿠모가 탑승하고 있었으며, 위성요격 시험은 성공적으로 수행되었습니다. 실험이 성공하자 핵무기에대한 전략적인 우위의 상실을 우려했던 소련 당국이 이 위성의 개발자인 바트케인 박사를 납치하게 되었고, 박사가 납치되었다는 사실을 알게된 미국은 위성의 기밀누설을 우려하게되어 박사가 소련으로 들어가기전에 조치를 취해야 했는데, 박사를 태우고 소련으로 가고 있던 알파급 잠수함을 잡기위해 핵어뢰를 사용하여 격침시키게 됩니다. 이 일을 계기로 소련에서는 강경파인 브가린 국방장관이 미국이 레이저요격위성을 실용화하기 전에 핵미사일로 수천만명을 날려버리면 미국도 스스로 굴복하게 될것이라고 역설을 하였지만, 온건파 서기장인 오르로후는 이런 강경파의 목소리를 억누르고 있었습니다.

지구로부터 220만 광년이나 떨어진 안드로메다 성운에 있는 풍요로운 자연에 둘러싸인 아름다운 행성 아스트리아스. 아스트리아스 별의 왕자 이타카는 공주 리리아를 왕비로 맞이하게 되지만 두 사람의 행복은 그리 오래가지 못한다. 고도로 발달된 문명을 가지고 있는 외우주에서 마더 머신 이라고 불리는 컴퓨터가 행성을 침략하기 시작한 것인데 사람들은 기계에 의해서 영혼을 빼앗기고 코스모라리아 제국은 점차 나라 전체가 컴퓨터에게 침식이 되어간다. 한편 임신을 한 리리아 왕비는 지무사와 아프트라는 쌍둥이 남매를 낳게 되고, 나라를 도망쳐 나온 두 남매는 여러 차례 운명의 장난과 마주하면서도 여검사인 이루와 함께 기계들에게 맞서 싸우게 되면서 안드로메다 스토리즈 스토리는 이어진다.