최후의 결전으로부터 2년 후의 지구. 평화를 되찾은 줄 알았던 지구에 다시 괴수가 출몰한다. 같은 시기에 세계 각지에서 잇따르는 초고대 유적 침입 사건. 토키오카 신대장(연기: 나카무라 유이치)을 영입한 전문가 팀 'GUTS-SELECT'는 '라이러'라는 이름의 괴수 일당을 확보하여 조사를 진행하고 있었다. 그것은 이 우주의 운명을 좌우하는 장렬한 싸움의 서막이었다. 맞서는 'GUTS-SELECT', 재빨리 달려오는 '울트라맨 제트', 그리고 그 중심에서 고군분투하는 주인공 마나카 켄고(연기: 테라사카 료가), 즉 '울트라맨 트리거'의 앞에 그림자를 이어받은 최악의 거인 '이빌트리거'가 그 흉악한 모습을 드러낸다! 모두의 웃음을 지키기 위해 울트라맨 트리거는 하루키(히로슈 히라노 역)=울트라맨 제트, 이그니스(세가이 케이 역)=트리거 다크, 그리고 신생 'GUTS-SELECT'의 멤버들과 함께 빛과 그림자의 대결전에 도전한다!

딸의 남자 친구를 죽인 아버지의 죄가 밝혀지고 범죄 조직은 또다시 그를 노린다. 형사가 된 딸과 최종 결전!