마법과 고교의 열등생의 극장판 애니메이션, 시간이 흘러 시바 타츠야가 졸업한 이후의 시점의 이야기가 전개된다.

교토에 사는 내향적인 중학생 텐도 준은, 뜻밖의 일로 1200년 이전의 헤이안 시대에 타임슬립해 버린다. 거기에는 사람들이 두려워하는 '귀신'이라는 존재가 있었다. 준은 스님인 켄도에 의해 이끌려, 귀신과 싸우는 동안 귀신의 정체를 알게 되고 또한 자신의 출신 경위를 알게 된다. 그리고 진정으로 싸워야 할 상대가 누구인가를 깨달은 준은, 귀신들과 함께 목숨을 건 싸움을 건다.

거대한 전설을 넘어설 새로운 시대가 시작된다! 지켜야 하는 소중한 가치를 위해 닌자는 강해진다! 그리고 지금, 역대 최강! 사상 최대! 대격돌이 펼쳐진다! 오랜 세월에 걸친 전쟁이 끝나고 고도성장을 이룬 새 시대, 평화의 시대를 이끌고 있는 것은 전설이 된 7대 호카게 우즈마키 나루토다. 분신술로도 감당하지 못할 만큼 바쁜 나날을 보내는 중에 나뭇잎 마을에서는 다섯 마을 통합으로 개최되는 중급닌자 선발시험이 한창이다. 각 마을을 대표하는 3인 1조의 하급 닌자들! 사스케의 딸이자 나루토를 동경하는 사라다와 수수께끼를 지닌 우수한 닌자 미츠키, 그리고 재능을 갖췄으면서도 나루토를 망할 아빠 취급하는 보루토도 참가 중이다. 마을의 영웅이지만 너무나 바쁜 아버지가 늘 미웠던 보루토는 ‘나루토의 유일한 라이벌’인 사스케의 제자가 되어 아버지를 놀라게 하는데… 마지막 개인전이 치뤄지던 그 순간! 차크라콜렉터 모모시키와 킨시키가 나타나 나루토의 차크라를 노리며 공격해온다! 나루토는 필사의 각오로 사람들을 구하지만 모모시키의 술법에 이공간으로 사라지고 만다. 그제서야 아버지의 걸어온 길과 그 무게를 느낀 보루토는 스승인 사스케, 다섯 카게들과 아버지를 구하기 위한 길을 나선다!