삭제된 기억, 거대한 미로로 둘러싸인 낯선 공간 모든 기억이 삭제된 채 의문의 장소로 보내진 ‘토마스’(딜런 오브라이언). ‘토마스’는 미로에 갇힌 그곳에서 자신과 같은 상황의 사람들을 만난다. 그들은 매일 밤 살아 움직이는 미로에서 정체를 알 수 없는 죽음의 존재와 대립하며, 지옥으로부터 빠져나갈 탈출구인 지도를 완성해 나간다. 그러던 어느 날, 미로의 문이 열리고 그들은 마지막 선택의 기로에 놓이게 되는데…

미로를 탈출한 토마스와 러너들은 자신들이 겪었던 위험한 실험에 미스터리한 조직 ‘위키드’가 관여된 것을 알게 되고, 그들의 정체를 밝혀 왜 이런 일들이 일어나고 있는지를 알아내기 위해 또 다시 탈출을 시도한다. 한 순간도 예측할 수 없는 위험들이 도사리고 있는 ‘스코치’에 도착한 러너들은 ‘위키드’에 대항하기 위해 결성된 저항 단체를 만나 그들과 함께 거대 조직에 맞설 준비를 한다. 하지만 ‘위키드’에 접근할수록 위험천만한 일들이 벌어지고, 조직이 비밀리에 준비 중인 또 다른 충격적인 계획을 알게 되는데...