중학교 2학년 여름방학 종업식 날, 여느 때와 변함없이 집에 돌아온 소년 히로시는 중대한 일이 생겼다는 사실을 알게 된다. 차압이 들어온 집에서 더 이상 살 수 없게 된 가족들. 아버지는 가족들을 일렬로 세워놓고 느닷없이 '해산' 선언을 한 채 어디론가 사라진다. 가족들은 뿔뿔이 흩어지고, 히로시는 13살의 나이에 노숙 생활을 하게 되는데...

「파동전설」이야기가 전해져 내려오고 있는 로타마을에서 수백년전 「세계가 시작하는 나무」의 힘으로 싸움을 멈춘 「파동의 용사 아론」을 기리는 축제가 한창이었다. 마을에 방문한 지우 일행은 그 해 용사를 정하는 포켓몬 시합에 나가 치열한 싸움끝에 멋지게 우승하여 「파동의 용사」가 되어 아론의 자팡이를 상으로 받는다. 그런데 그때 지팡이의 돌 장식이 빛을 내면서 봉인되었던 「루카리오」가 나타난다. 지우 일행은 피카츄를 데려간 「뮤」를 찾기 위해 루카리오와 함께 「세계가 시작하는 나무」를 향해 여행을 떠난다.