2002년, 세월이 흐르며 특차 2과의 말썽꾼들도 이리저리 흩어져 나가고, 고토와 시노부 등만 남아서 2과를 지키고 있었다. 바빌론 프로젝트도 거의 마무리를 향해 달려가는 시점에서 레이버 범죄도 많이 감소해 그럭저럭 평온하고 무난한 일상이 이어지던 중, 정체불명의 전투기가 미사일로 요코하마 베이 브릿지를 파괴하는 사건이 터진다. 사건 당시 촬영되었다는 영상에서 문제의 전투기가 자위대가 운용하는 F-16J임이 방송에서 공개되지만 자위대는 이 사실을 부정한다. 이어 벌어진 가짜 도쿄 공습 사고로 경찰청이 자위대를 압박하면서 두 조직이 점점 첨예하게 대립하게 되고, 정부가 자위대의 손을 들어주어 자위대가 치안 유지를 위해 기계화 부대를 이끌고 도쿄에 들어오는 등 정국은 엉망이 된다. 사건을 한 걸음씩 조사해나가던 고토와 시노부는 '츠게 유키히토'란 남자가 그 배후에 있음을 알게 되는데...

도쿄만 일대에서 레이버가 습격을 받는 사건들이 발생하자 죠오난 서의 형사, 쿠스미와 하타가 조사에 나서지만 난관에 부딪힌다. 한편 하타는 대학강사인 사에코를 만나 점점 그녀에게 빠지게 된다. 조사를 계속하던 쿠스미와 하타는 만 근처에 떠 있는 비축기지에서 사람을 잡아먹는 괴물과 조우하게 되고 사건의 범인이 이 괴물임을 알아챈다. 하지만 이 괴물이 남긴 근육조각에 대한 분석 결과가 나오자 모든 상황은 뒤바뀐다. 바로 이 괴물이 누군가에 의해 만들어진 괴물이라는 것. 사태는 경시청, 방위청, 특차 2과까지 휘말리게 되고 하타가 모르는 사에코의 모습까지 알게 된다. 수많은 의혹이 교차되는 사이 또 다시 괴물이 도쿄만에 나타나고 특차 2과 제 2소대는 레이버와 함께 이 괴물 사건을 종결짓기 위해 출동한다. 그 사이 하타는 이 괴물이 사에코가 자기 의지대로 만들어 냈다는 사실을 발견한다. 한편 제 2소대는 괴물을 처치하기 위해 스타디움으로 유도한다. 괴물과의 사투를 벌이던 제 2소대는 마침내 괴물을 처치하는데 성공한다.

불사의 술법을 익힌 괴력의 닌자, 히무로 겐마는 금광에서 발견된 금을 가로채려고 하고, 그 증거를 잡기 위해 막부는 밀사를 파견한다. 그러나 겐마는 귀문 8인조로 하여금 밀사를 제거하도록 하고, 여검객 카게고만이 살아남는다. 벳사이에게 겁탈을 당하려는 카게고를 위기에서 구해준 무사 쥬베는 곧 정체를 알 수 없는 노인이 던진, 독이 묻은 수리검에 맞는다. 해독약을 구하기 위해 쥬베는 귀문 8인조와 맞서기로 하는데...

제1차 세계대전이 끝난 후, 전쟁의 기억을 지우기 위해 스스로 돼지로 변한 이탈리아 공군의 에이스 비행사 포르코 롯소. 그는 이탈리아 근해의 무인도에서 혼자 지내며 그의 의지대로 자유롭게 날고 하늘의 해적을 소탕한다. 젊은 시절 인간의 모습을 한 얼굴은 지나의 레스토랑의 벽에 걸려 있는 사진 속에 유일하게 남아 있다. 사람들로부터 붉은 돼지로 불리는 포르코 롯소는 미국인 조종사 도널드 커티스의 공격으로 비행기가 파손되자, 비행기 제작자인 피콜로에게 수리를 요청한다. 피콜로의 손녀인 피오는 포르코 롯소와 함께 지내며 온갖 모험을 겪으면서 조금씩 그를 좋아하게 되는데...