평안하신지요, 저 하루노 하루카는 노블 학원 중학교 1학년생!! 제게는 소중한 꿈이 있어요. 그것은 바로 「프린세스가 되는 것」!! 무척 좋아하는 그림책에 나온 프린세스... 꼭 그런 멋진 사람이 되고 싶어요! 예전에 『카나타』라는 남자 아이와 꿈을 포기하지 않을 것을 약속했어요. 새로운 생활, 열심히 해보자!라고 생각하던 차에, 사람의 꿈을 「문」 속에 가둬서 절망으로 물들이는 나쁜 놈들이 나타나서...!! 『프린세스 퍼퓸』과 카나타가 줘서 간직하고 있던 『드레스 업 키』로, 저 『프린세스 프리큐어』로 변신하고 말았어요! 「강함, 상냥함, 아름다움」을 겸비한 진짜 프린세스가 되어 세계를 구하는 것. 그것이 『프린세스 프리큐어』의 사명이라고. 꿈을 위해서도, 모두를 지키기 위해서도 나쁜 놈들에게 닫힌 꿈의 문을 저, 열어 보이겠어요!

꿈을 잃어버린 채 니트가 되어버린 한다 쇼타는 어느날 모교인 초등학교에서 열린 동창회에 참석했다가 사회적으로 성공한 동급생들을 보고 좌절감에 빠져 동창회 자리를 빠져나온다. 상념에 잠긴 쇼타는 문득 이전에 학교에 떠돌던 괴담에서 '밤이 되면 이공간과 이어진다'고 알려진 교내 수영장을 찾았다가 발이 미끄러져 수영장에 빠져버린다. 가까스로 물 밖으로 나온 쇼타는 자기가 있던 수영장에서 초등학생들이 수업을 받고 있는 것을 알고 혼란에 빠진다. 하지만 이내 자기 자신은 물론 동창회장에서 봤던 동급생들 또한 10여년 전 그 때의 초등학생의 모습이 되어 있다는 것을 알게 되고, 쇼타는 자기가 초등학교 5학년 당시로 타임슬립이 된 것을 깨닫게 되는데......

일본 남쪽에 위치한 섬 남십자(南十字)도. 어느 날 밤, 섬의 해변에 츠나시 타쿠토라는 이름의 소년이 섬에 헤엄쳐 찾아온다. 일본 본토에서부터 헤엄쳐 온 이상한 소년 타쿠토는 섬의 학교 남십자 학원 고등부에 입학하여 타고난 밝고 적극적인 성격으로 학원의 학생들과의 교류를 맺어간다. 한편 학원의 지하에는 사이바디라고 불리는 거대한 구조물이 다수 존재하여 학생들은 각각 사이바디에 관련된 비밀을 가지고 있었으며 그리고 그것은 타쿠토 본인도 예외는 아니었는데….