인간의 기억마저 AI에 의해 입력되고 삭제되는 세상, 진짜보다 더 진짜 같은 가상 현실 매트릭스. 그 속에서 진정한 현실을 인식할 수 없게 재배되는 인간들. 그 매트릭스를 빠져 나오면서 AI에게 가장 위험한 인물이 된 모피어스는 몇 안 되는 동료들과 함께 기계와의 전쟁 전후의의 폐허를 떠돌며 인류를 구할 마지막 영웅을 찾아 헤맨다. 마침내 모피어스는 낮에는 평범한 회사원 앤더슨으로, 밤에는 해커로 활동하는 청년 네오를 그로 지목한다. 모피어스의 지시대로 그를 만나게 된 네오는 두개의 알약 중 하나를 고르는 선택을 하게 되는데...

상류층을 상대로 오랜 시간 콜걸 생활을 해온 홀리는 오늘 밤 마지막 고객을 끝으로 콜걸 생활을 정리하고 파리로 떠날 결심을 한다. 반면 가출한 십대 소녀 쉐이는 돈이 바닥 난 상태로 홀로 도시에 도착해 콜걸로써 첫날 밤을 보내려고 한다. 하지만 운명은 그녀들을 잘못된 길로 빠져들게 만들고 성매매로 얼룩진 도시에서 그녀들은 고장 난 롤러코스터 마냥 빠져나갈 수 없는 덫에 걸려들고 만다. 그녀들은 이 끔찍한 밤에서 탈출구를 찾으려 발버둥 치는데…