정부 지원으로 탄생한 무기 프로그램 엑스 코프가 통제 불능이 되면서 결국 소수의 인류만이 살아남아 근근이 살아간다. 생존자 지역 중 하나인 스네이크강 기지의 스피어스 중위는 순찰 중 우연히 한 남녀가 사이보그에 쫓기는 걸 목격하고 의문의 데이터 드라이브를 손에 넣는다. 스피어스 일행은 엑스 코프의 공동 창립자 잭 킬모어를 데려와 기계들을 반격할 기회를 노리는데…

다큐멘터리 작가 애니는 작품을 위해 남편을 설득해 집안 전체에 카메라를 설치한다. 카메라에 대체우주 속 그들과 똑같은 커플을 보여주며 문제가 시작된다.

킴은 아버지가 암에 걸리자 병간호를 하기 위해 아들 브로디와 함께 어렸을 때 살았던 슈피리어호 근처 도시로 돌아간다. 호수 근처에서 몸이 기형인 개구리 여러 마리를 발견하고, 이상하다고 느낀 킴은 버치우드 초등학교 과학 선생님인 트렌트와 함께 조사를 시작한다. 근처에 살충제를 제작하는 아메리칸 패트리엇 케미컬스 회사의 살충제에 문제가 있다고 생각해 시장을 찾아가지만, 별다른 조처를 취하지 않는다. 그러는 동안 킴의 개는 기형인 새끼를 낳았고, 심지어 이웃인 주디가 기형아를 낳으면서 상황은 더욱 심각해진다. 과연 돌연변이가 속출하는 이 사태의 원인은 무엇인가?

세상의 편견과 억압에 자신들만의 마을을 구축해 살아가던 선량했던 광대 마을이 사람들의 욕심에 죄 없이 불타 죽은 뒤 수년이 지났다. 고스트헌터 이안과 크리스 그리고 스펜서는 새로운 에피소드를 위한 여행 중이었고, 브룩과 케이시, 섀넌 그리고 크리스틴은 결혼을 앞둔 브룩의 파티를 위해 라스베이거스를 다녀오던 중에 모두 알 수 없는 힘에 이끌려 클라운 모텔에서 하룻밤을 보내게 된다. 주인 없는 모텔에서의 하룻밤 이후 서서히 나타나는 사악한 광대들을 물리치고 그곳을 탈출할 수 있을지…