어떤 기술이든 즉시 습득할 수 있는 특별한 재능을 가진 한 남자가 비밀 실험 시설에서 탈출하여 납치범들로부터 숨어 전국을 돌아다니며 다양한 일을 하고 낯선 사람들을 돕습니다.

배경은 "오리지널 시리즈"로부터 대략 100년 후로 설정되어 있으며, 2363년 10월 4일 새롭게 취역한 엔터프라이즈-D와 장 뤽 피카드 함장이 출연한다. 본 시리즈에서는 또한 베타조이드 혼혈인 디애나 트로이와 스타플릿 최초의 클링온 장교인 워프 등과 같은 외계 종족의 승무원이 등장하였다. 1987년 9월 28에 시작하여 1994년 5월 23일을 끝으로 7 시즌간 방영되었다. 이전 시리즈와는 달리, 네트워크 방송사에 공중파로 방송되지 않고 프로그램이 배급되었다. 《스타 트렉》의 다른 어떤 시리즈보다 호평을 받았으며, 방송 후반부에는 배급률 1위를 차지하였다. 최종 시즌은 에미상 최고 드라마 시리즈 부분의 수상 후보로 거명되었다. “The Big Good-bye”화는 우수 TV 프로그램 부분 피보디상을 수여받았다.

이 시리즈는 United Federation of Planets이 창설되기 10년 전, 대략 오리지널 시리즈의 100년 전 시대에서 시작한다. 시리즈는 Earth starship Enterprise (NX-01)의 승무원에 의한 우주 탐험을 그리고 있다. "엔터프라이즈 NX-01"은 2151년 지구에서 취역하였으며, 발사 시에는 통상적으로 워프5 (약 256광속)가 최대 속력으로 여겨졌다. 이는 당시까지 발사된 그 어떤 인류의 우주선보다도 빠른 수치였다. 선장은 조나단 아처 이다. 시즌 4 만에 조기 종영되었다.

USS 보이저호가 무장 테러그룹 마퀴스에게 탈취된 우주선을 회수하는 임무 중에 생긴 알 수 없는 사고로 70,000광년 떨어진, 행성 연방의 최강의 적 '보그'가 살고 있는 델타 사분면으로 떨어지면서 귀환하는 과정을 그리고 있다. 시리즈 최초에는 약 75년이 걸릴 것으로 예상했으나 중간중간 여러 방법으로 이 기간을 23년까지 단축했고, 시즌 7 마지막 에피소드에서 시간 여행을 사용한 방법으로 남은 공간을 한 번에 넘어 귀환하게 된다. 최초 델타 사분면으로 떨어지게 된 사고로 인해 보이저호와 마퀴스쪽의 우주선 모두 상당한 피해를 보게 되어 다시 알파 사분면으로 돌아갈 수 있게 될 때까지 협력하기로 합의, 보이저호에서 말 그대로 "한 배를 타게 되는" 특이한 설정에다, 보그 종족 출신의 세븐 오브 나인을 비롯한 델타 사분면의 여러 원주민까지 선원으로 받아들이게 되어 스타 트랙 시리즈 중 가장 다양한 인종이 선원으로 등장하는 시리즈이며, 스타 트렉 TV 시리즈 중 유일하게 여성 함장을 등장시킨 시리즈이기도 하다. 아울러, 보이저는 함선 묘사에 실물 모델을 사용하지 않고 100% CG만으로 처리하게 된 최초의 스타 트렉 시리즈이다. 시리즈 초반에는 여전히 실물로 제작된 모델을 사용해 촬영했으나 시즌 3부터는 100% CG만으로 표현하게 된다.