파월 항공사 및 파월 방위 산업체의 대표 파월은 카지노 체육관에서 헤비급 챔피언 권투 경기를 주최한다. 이 경기에 커크랜드 국방장관이 초청된다. 애틀랜틱 시티의 강력계 형사 릭 샌토로(니콜라스 케이지)와 게빈 던(게리 시니즈)은 국방장관의 경호를 맡는다. 1라운드 경기 중 던은 빨강 머리를 한 수상한 여자의 신원을 확인하기 위해 자리를 비운다. 이 때를 틈타 은발 머리의 미녀가 국방장관에게 접근하여 뭔가를 건네려 한다. 바로 그때 헤비급 챔피언 타일러가 다운되고 두 방의 총성이 울리며 장관이 쓰러진다. 팔에 부상을 입은 은발의 여자는 감쪽 같이 사라진다. 수사를 위해 방송실의 녹화 테이프를 검색하던 샌토로는 타일러가 의도적으로 다운됐음을 알아낸다.

자신의 능력을 최대한 빨리 인정받아 고위 간부로 승진한 휘태커. 승진 후 회사에서 자행되는 온갖 불법적인 행위들이 눈에 들어오고, FBI에 회사의 다국적 가격 담합 음모를 제보한다.

고대 이집트에서 신으로 숭배받았던 최초의 돌연변이 아포칼립스가 오랜 잠에서 깨어난다. 초능력을 흡수해가며 수천년을 살아온 아포칼립스는 스톰, 사일록, 아크엔젤 그리고 매그니토에게 자신의 힘을 나누어준 뒤, 그들과 함께 현재의 세상을 뒤엎고 새로운 세상을 건설하려 한다. 찰스 자비에와 미스틱은 아포칼립스의 지구 종말 계획을 알아채고, 진 그레이, 사이클롭스, 퀵 실버, 나이트크롤러 등 젊은 돌연변이들과 함께 아포칼립스에 대항한다.

60세의 무일푼이자 맨하튼 사교계 人인 프란시스 프라이스(미셸 파이퍼)는 '내 계획은 돈이 다 떨어지기 전에 죽는 것이다'라고 했지만, 일이 계획대로 진행 되지 않는다. 그녀의 남편 프랭클린은 20년 전에 세상을 떠났고, 그의 막대한 상속 재산을 모두 써 버리고 마지막 남은 재산을 현금화 하여, 아들 말콤(루카스 헷지스)과 함께 파리의 평범한 아파트에서 익명으로 황혼의 남은 날들을 살기로 결심하는데... 이 여정에 그녀의 고양이가 함께 하게 되고... 이 고양이는 왠지 프랭클린을 닮아 있다.

어린 시절 비극적 교통사고로 능력을 알게 된 진 그레이는 자비에 영재학교에서 새로운 가족을 맞이하게 된다. 엄청난 잠재능력을 지닌 그녀는 엑스맨으로 성장해 우주에서 구조 임무를 수행하던 중 목숨을 잃을 뻔한 사고를 겪고, 폭주하는 힘과 억눌려왔던 어둠에 눈을 뜨게 된 그녀는 엑스맨의 가장 강력하고 파괴적인 적, 다크 피닉스로 변하게 된다. 프로페서 X는 물론 매그니토까지 능가하는 두려운 존재가 된 그녀 앞에 힘을 이용하려는 미스터리한 외계 존재가 나타나 그녀를 뒤흔들고, 엑스맨은 사랑하는 친구이자 가장 강력한 적이 된 다크 피닉스와 맞서야 하는데...

자매인 헬리나(릴리안나 코코로우스카 분)와 알렉스(스티브 패리쉬 분)는 조실 부모하여 고아원에서 자란다. 그들이 스캐너라는 사실을 안 모네씨는 둘을 입양해서 친자식처럼 키워 성장시켰다. 똑같은 모네씨의 교육을 받고 자랐으면서, 헬리나는 욕심 많고 적극적인데 비해 오빠 알렉스는 매사에 신중하고 소극적인 편이었다. 어느해 크리스마스 파티 석상에서, 스캐너의 위력으로 실수로 가장 친한 친구 테일러를 죽인다. 수사 결과 과실로 인정되어 무죄가 판정 되나 양심의 가책을 느낀 알렉스는 자신의 힘을 조종할 수 있는 방법을 찾아 헤매던 끝에, 타일랜드에서 훌륭한 수도승을 만나 마음의 평화를 찾는다. 그동안 헬리나는, 아버지 모네씨가 새로 개발해서 시험 중인 신제품 델-3이라는, 스캐너가 겪는 두통제거제를 몰래 쓰면서, 스캐너들을 학대해온 사회에 전쟁을 선포하고, 자신의 야망에 방해가 되는 사람은, 심지어 모네씨 마져도 없애고, 아버지의 회사를 인수, 스캐너들을 거느리고, 위성중계되어 전 세계로 나가는 TV를 이용해서, 세계제패의 음모를 꾸민다. 이에 의분을 느낀 알렉스는 미국으로 돌아와 헬리나를 꺾고, 다시 평화를 유지하는데 성공한다.