유럽을 여행중인 크리스, 나탈리, 폴, 아만다에게 현지 가이드 유리는 아무나 할 수 없는, 전혀 새로운 여행을 해보는 것이 어떠냐며 체르노빌을 하루 방문해 볼 것을 권한다. 체르노빌은 사상 최악의 원자력 사고로 인해 당시 사람들이 살던 그대로 텅 비어있는 도시. 크리스는 뭔가 꺼림칙하지만 익스트림 관광에 흥분한 폴과 아만다의 등살에 결국 체르노빌을 가고 도시가 주는 특유의 분위기에 본인도 심취한다, 다시 돌아오려던 저녁. 갑자기 차가 시동에 걸리지 않고, 어디선가 그들을 지켜보는 시선이 느껴지는데...

1944년 겨울. 독일의 마지막 공격이 펼쳐지던 제 2차 세계대전. 미군은 독일이 배후에서 끔찍한 전략을 꾸미고 있다는 사실을 알게 된다. 바로 히틀러가 비밀병기 핵 무기를 만들고 있다는 것! 미군은 히틀러 무기 프로그램의 결점을 찾기 위한 비밀 미션을 수행하게 된다. 이들은 독일군 심장부를 급습하고자 하는데...

냉전이 최고조에 다다른 1957년. 인디아나 존스는 친한 동료 맥과 함께 소련의 한 비행장에서 목숨을 위협하는 소련 특수부대 이리나 스팔코 일당의 추격을 피해 힘겹게 탈출한다. 일상으로 돌아간 인디아나 존스는 대학에서 고고학 강의를 하며 평범하게 지내고 싶어하지만 소련에서의 탈출 사건과 고고학 연구에 관련해 자신의 교수직을 해고하려는 정부의 또 다른 압력이 있다는 것을 알게 된다. 어쩔 수 없이 모든 것을 정리하고 대학을 떠나려던 찰나, 그의 앞에 반항기 가득한 청년 머트 윌리암스가 나타나는데...

해군 정보군의 중위인 조단 오닐(데미 무어)은 뛰어난 정보 분석력과 판단력을 갖추었지만, 단지 여자라는 이유로 번번이 무시당하기 일쑤이다. 조단 오닐은 걸프전이 발발했을 때에도 참전을 신청하지만 거절당한다. 군대에서 여자가 인정받기란 매우 어려운 일인데 어느날 그녀에게 네이비 씰 특전단 훈련에 참가할 수 있는 기회가 주어진다. 그것이 비록 정치적인 목적으로부터 나온 것이긴 하지만 그녀에게는 평생의 소원을 이룰 수 있는 기회가 온 것이다. 남자라는 자존심으로 가득찬 훈련생들과 교관들의 멸시를 이겨내고 그녀는 남자와 똑같은 조건에서의 강훈련을 무사히 견뎌내려 하는데...

그들도 세상을 구한다! 비밀 첩보국 ‘컨트롤’과 세계 정복 야욕을 가진 범죄 조직 ‘카오스’가 대립하고 있는 이 때, 언제든 현장에 투입될 준비가 되어있는 컨트롤 요원 ‘맥스웰 스마트(스티브 카렐)’가 있었다. 때마침 컨트롤 본부가 공격을 받고 요원들의 신분이 위태로워지자, 컨트롤 국장(알란 아킨)은 특단의 조치로 열성 내근요원 맥스웰 스마트를 현장 특수요원으로 승진시킨다. 다만 아주 사소한 문제라면, 사상 최고이자 최악의 임무라는 이 중대한 임무가 맥스웰 스마트의 첫 임무라는 것뿐. 2인자의 거침없는 무한도전!! 꿈에도 그리던 현장요원이 된 스마트는 첩보계의 슈퍼 스타 ‘에이전트 23(드웨인 존슨)’의 곁에서 뛰길 고대하지만 그의 파트너는 다름아닌 유일하게 신분이 폭로되지 않은 ‘에이전트 99(앤 해서웨이)’. 그녀는 성형수술로 거듭난 사랑스러운 외모와는 달리 살인적인 옆차기를 구사하는 베테랑 현장요원이었다. 현장경험은 전무, 하지만 준비된 요원인 스마트는 '똑똑함'을 무기로 작전에 나서는데…. 세상을 구하기 위해 나선 2인자의 거침 없는 무한도전은 지금부터 시작이다!