할아버지의 죽음의 단서를 쫒던 제이크는 시간의 문을 통과해 놀라운 비밀과 마주한다. 시간을 조정하는 능력을 가진 미스 페레그린과 그녀의 보호아래 무한 반복되는 하루를 사는 특별한 능력의 아이들, 그리고 그들을 사냥하는 보이지 않는 무서운 적 할로게스트. 미스 페레그린과 제이크를 비롯한 아이들은 살아남기 위해 할로게스트에 맞서야 한다. 시간과 공간을 넘나들며 펼쳐지는 이들의 대결이 팀 버튼의 마법같은 상상력으로 펼쳐진다.

온라인 게이머들이 우승 상금 10만 달러가 걸린 가상 현실 게임에 초대장을 받는다. 어떤 게임인지도 모르는 그들 눈앞에 펼쳐진 세상은 상상을 초월하고, 오히려 섬뜩하다. 갈수록 잔인해지는 상황에 자신들의 목숨도 위태롭다는 것을 개닫는데...

런던에 살고 있는 평범한 가장인 ‘콴’ 은 의문의 폭발 사고로 딸을 눈앞에서 잃는다. ‘콴’은 자신의 딸이 죽은 사고가 테러조직과 관련이 있음을 눈치채고 경찰을 찾아가지만 기다리라는 형식적인 대답만 듣게 된다. 답답한 ‘콴’은 딸의 억울한 죽음을 밝히고자 고위 정부관료인 ‘헤네시’ 를 찾게 되는데 무시만 당하게 된다. 더 이상 기다릴 수도, 참을 수도 없는 아버지 ‘콴’은 결국 스스로 범인을 찾기로 결심하고 그가 할 수 있는 모든 것을 동원하며 거대한 권력에 맞서 싸우는데…

어린 시절의 트라우마로 암흑의 삶을 살던 사형수 칼럼 린치 는 의문의 조직, 앱스테르고의 과학자 소피아 에 의해 자신의 유전자에 과거의 비밀이 깃들어 있다는 사실을 깨닫게 된다. 유전자 속에 숨어 있는 기억을 찾아주는 최첨단 기술을 통해 15세기에 살았던 조상 '아귈라'의 모험을 직접 체험하게 된 그는 '아귈라'가 비밀 모임 ‘암살단’에 속해 있었다는 사실까지 알게 된다. 이후, 놀라운 지식과 기술을 축적한 그는 세상을 통제하려는 템플 기사단에 맞서게 되는데...

1926년 뉴욕, 검은 존재가 거리를 쑥대밭으로 만들고 미국의 마법의회 MACUSA의 대통령과 어둠의 마법사를 체포하는 오러의 수장 그레이브스가 이를 추적하는 혼돈 속에 영국의 마법사 뉴트 스캐맨더가 이 곳을 찾는다. 그의 목적은 세계 곳곳에 숨어있는 신비한 동물들을 찾기 위한 것. 여행을 하면서 다양한 크기의 신비한 동물을 구조해 안에 마법의 공간이 있는 가방에 넣어 다니며 보살핀다. 하지만 은행을 지나던 중 금은보화를 좋아하는 신비한 동물인 니플러가 가방 안에서 탈출을 하고 이 일로 전직 오러였던 티나와 노마지 제이콥과 엮이게 된다. 한편 검은 존재의 횡포는 더욱 거세져 결국 인간 사회와 마법 사회를 발칵 뒤집는 사건이 발생하고, 이 모든 것이 뉴트의 소행이라는 오해를 받게 되는데...

모든 자취를 숨기고 사라졌던 제이슨 본, 그는 되찾은 기억 외에 과거를 둘러싼 또 다른 음모가 있다는 것을 알게 되고 마침내 CIA 앞에 자신의 존재를 드러내게 된다. 그리스 반정부시위에서 소셜미디어를 통해 감시와 통제를 자행하려는 CIA의 새로운 프로그램 아이언핸드가 은밀히 진행 중이다. 이런 상황에서 본은 과거 트레드스톤 작전과 관련된 아버지의 과거를 추적하며 CIA와 대립한다. 본을 제거하려는 국장 듀이(토미 리 존스)에 맞서 사이버팀장 헤더 리(알리시아 비칸데르)가 모호한 조력자로 나선다.