새로운 행성을 찾아 마지막 인류를 태우고 떠난 우주선 엘리시움호. 깊은 수면에서 먼저 깨어난 페이튼 함장과 바우어 상병은 우주선에 타고 있었던 탑승객 6만 명이 모두 사라진 사실을 알게 된다. 거대한 미로 같은 우주선에서 정체 불명의 생명체 ‘놈’들의 공격에 쫓기게 된 그들. 광활한 우주 공간에서 우주선 외에 더 이상 탈출구도 없다. 순식간에 덮쳐오는 ‘놈’들의 인간 사냥에 맞서 사투를 벌이던 그들은 인류 최후의 충격적인 비밀에 직면하게 되는데…

암치료제를 구하기 위해 아마존 정글로 탐험을 떠난 연구팀은 알 수 없는 괴 생명체에게 공격을 당한다. 연구팀원들은 하나둘씩 목숨을 잃고 결국, 이 모든 프로젝트를 방해하는 세력이 있음을 깨닳지만 아마존의 대 자연앞에서 인간들은 한없이 나약해 지는데…

시카고 도심 한복판, 정체 불명의 푸른 빛이 하늘을 향해 쏘아 올려진다.빛은 오랜 시간 동안 달의 어둠 속에 잠들어 있던 디셉티콘 군단을 깨우게 되고,순식간에 시카고를 점령한 디셉티콘 군단의 무차별 공격으로 인해 도시는 초토화된다.오토봇의 수장 옵티머스 프라임은 디셉티콘의 도심 공격이 40년 전 인류의 달 착륙과 관련이 있다는 것을 알아내고,다시 한번 우주의 운명을 건 최후의 전면전에 나서는데… 수천년을 끌어온 오토봇 VS 디셉티콘의 전쟁. 그 최후의 전투가 지금 시작된다!