수녀원에서 공부하는 11살 소녀 셀리아는 책임감 있는 학생이자 사려 깊은 딸이다. 그런 셀리아에게 새로 사귄 전학생이 새로운 세상을 열어 보이고, 셀리아는 인생의 새로운 단계인 청소년기에 접어든다. 이제 셀리아의 몸은 새로운 것들을 실험하고 시도해 보아야 한다. 편안하고 안전하다고 여기던 모든 것들에 맞서야 한다 해도.​

18세기 프랑스, 악취나는 생선 시장에서 태어나자마자 고아가 된 천재적인 후각의 소유자 장 바티스트 그르누이(벤 위쇼). 난생 처음 파리를 방문한 날, 그르누이는 지금껏 경험하지 못했던 여인의 매혹적인 향기에 끌린다. 그 향기를 소유하고 싶은 강렬한 욕망에 사로잡힌 그는 향수제조사 주세페 발디니(더스틴 호프만)를 만나 향수 제조 방법을 배워나간다. 파리를 떠나 향수의 낙원이라 불리는 프랑스 남동부의 그라스에서 본격적으로 향수를 만드는 기술을 배우는 그르누이. 한편 그라스에서는 아름다운 여인들이 머리카락을 모두 잘린 채 나체의 시신으로 발견되는 의문의 살인 사건들이 연이어 발생하는데...

흘러 현재, 교통사고로 아내를 잃고 백혈병 선고를 받은 저명한 신경외과 의사 다비드는 살 수 있는 유일한 방법인 골수이식을 받기 위해 부모님을 찾아가지만 자신이 입양아였다는 충격적인 사실을 알게 된다.

1912년 스페인 바르셀로나. 부유한 집안의 한 소녀가 실종되면서 위선적인 사회의 근간을 뒤흔드는 일련의 사건이 벌어집니다.