욕망에 휩싸인 세 여인이 있다. 영화의 시작을 여는 건 아기를 갖기 위해 영혼이라도 팔겠다는 왕비(샐마 헤이엑) 이야기다. 왕비는 풍문에 따라 처녀가 요리한 바다괴물의 심장을 먹고 아들을 얻는다. 아이는 같은 날 태어난 처녀의 아이에게 집착에 관심을 보이며 성장한다. 두 번째는 왕의 사랑을 얻기 위해 젊음을 탐하는 노파와 그 동생의 이야기다. 도라는 우연한 계기로 젊음을 얻는다. 이를 시기한 동생 이마는 도라의 말만 믿고 피부를 깎아내 젊음을 되찾으려 한다. 마지막은 거인에게 잡혀간 공주(비비 케이브)의 이야기다. 공주는 벼룩에 정신이 팔린 아버지를 원망하며 호시탐탐 탈출할 기회만 노린다.

1327년 이탈리아 북부에 있는 베네딕트 수도원에서 그림 그리는 채식 수사 아델모의 시체가 발견되면서 수도원은 술렁이기 시작한다. 당시 교회의 청빈을 주장하는 프라시스코 수도회와 그를 반박하는 교황청 및 다른 교단들의 반목이 심화되자 이를 해결키 위해 이 수도원에서 각 교단이 모여 토론을 하기로 함으로써, 프란시스코 수사인 윌리엄(William of Baskerville: 숀 코넬리 분)은 수련 제자 아조(Adso of Melk: 크리스찬 슬레이터 분)를 데리고 이곳에 들른다. 뛰어난 두뇌의 소유자 윌리엄이 수도원이 심상치 않음을 간파하자 수도원장(The Abbot: 미쉘 론스데일 분)은 윌리엄에게 이 사건을 해결해 달라고 요청한다. 그러던 중 그리이스어 번역사가 다시 살해되고 요한 계시록의 예언대로 수사들이 죽음을 맞자 수도원은 악마의 역사가 시작됐다고 극도의 불안에 떤다. 서고를 은밀히 지키던 두 사람은 심야에도 서관에서 누군가가 책 한권을 훔쳐 달아나는 것을 목격하고 뒤를 밟았지만 그들이 발견한 것은 주방에서 정사를 벌이고 있는 마을처녀와 수도승. 가난한 마을 처녀는 그렇게 해서 식량을 구하고 있는 것이었다. 윌리엄은 사서와 보조사서의 행동을 수상쩍다고 느끼던 중 암호가 적인 양피지를 발견, 사서외엔 아무도 못들어 간다는 도서관에 비밀의 열쇠가 있다고 판단, 잠입을 시도하지만 실패한다. 한편 죽은 수사마다 혀와 손가락 끝에 검은 잉크자국이 베어 있는데. 그러던 사이에 이단 심문에서 유죄로 선고된 두 수도승, 여기에 마녀로 선고된 마을처녀도 함께 묶여서 세사람의 발아래 장작이 쌓이는 순간 윌리암은 범인을 알아내고 서고탑 안으로 들어가는데.

1983년 밀라노. 새로운 법 ‘바자리아법’에 의해 정신병원이 없어진다. 정신병원 환자들에게 자유가 주어졌지만 돌아갈 곳은 없다. 그들을 모아둔 병원부설 기관 ‘협동조합 180’은 정신병원과 별반 차이가 없다. 어느 날 그곳에 새로운 인물이 들어온다. 정의감이 강한 급진적 활동가 넬로이다. 넬로는 정신과 환자들과 함께 진짜 회사!를 만들고자 한다. ‘마루바닥 시공업체’ 넬로와 그의 친구들의 실험적 회사는 과연 잘 될 수 있을까?