전작 키디 그레이드의 50년 후를 다룬 후속작. 성력 -329년. GOTT(은하 통상 관세 기구)의 ES 멤버의 활약으로 인해 순결의 지구인인 "노블즈"의 은하 탈출 계획이 폭로되고 그들의 권위는 실추되었고 이 "지구인 사건"으로 인해 인류 은하로 진출이래 지속되었던 노블즈 지배 체제는 종말을 고하였다. 그 뒤 성력 0354년 행성 아즐란티아를 이용한 은하 "시간 동결 사건"으로 많은 이들이 다치고 전설의 ES 멤버, 에크렐과 류미엘도 별의 반짝임과 함께 사라져 버렸다. 바야흐로 성력 0379년. GOTT가 GTO(은하계 무역 감시 기관)로 재편되고 다시금 시간이 흐르기 시작하는데...

당신은 운석을 피할 수 있나요? 난 피했다. 하지만 완전히 피하지는 못했다. 만남이란 갑자기 떨어지는 운석 같은 놈이다. 나――수수한 고등학생이었을 터인 아이카와 아유무는, 무슨 인과인지 세상을 떠들썩하게 한 연속 일가 살해 사건에 휘말려 꼴까닥 죽었을 터……였는데, 어째서인지 살아 있었다. 사건 직전에 만난 네크로맨서 소녀 유우의 손으로, 좀비로 되살아났다고 한다.

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그 학교, 그 교실에는 누구에게도 말해선 안 되는 비밀이 있다. 1998년 봄, 요미야마 북 중학교로 전학온 사카키바라 코이치는 무언가에 겁을 먹고 있는 반 분위기에 위화감을 느끼게 된다. 신비한 분위기를 가진 소녀 미사키 메이에게 이끌려 접촉을 시도한 코우이치. 그러나 수수께끼는 한 층더 깊어져갈 뿐이었는데... 그러던 와중 벌어지는 예상치 못한 참사...! 이 세계에선 도대체 무슨 일이 벌어지고 있는 것인가...?!