레트로빌의 천재소년 지미 뉴트론은 어느날 외계로부터 기이한 메시지를 받는다. 은하계 건너 욜크스 제국에서 보낸 메시지의 내용을 확인하게 위해 지미는 토스터를 개조한 메신저를 우주로 쏘아 올린다. 지미의 메신저로 지구 인간에 대한 정보를 입수한 욜크스 제국의 구보왕은 레트로빌 아이들이 놀이공원에 놀러간 틈을 타 우주 괴물 풀트라에게 제물로 바치기 위해 지구의 부모들을 납치한다. 사사건건 잔소리에 간섭만 하는 어른들이 없어지자 기뻐 날 뛰던 아이들은 방종한 생활에 금방 지치고 어른들을 구하기 위해 욜크스 제국으로 출동한다.

당신 발 밑으로 펼쳐지는 미지의 세계 파괴자 루카스의 행동에 더 이상 참을 수 없던 개미들은 마법사 개미 조크(니콜라스 케이지)가 완성한 묘약을 가지고 루카스를 개미만큼 줄어들게 만든다. 개미왕국으로 끌려와 재판을 받게 된 루카스는 현명한 여왕 개미(메릴 스트립)의 명령에 따라 개미들의 생활방식을 배우게 된다. 이제 루카스는 예전에는 상상도 못했던 낯선 풍경 속에서 생사를 건 모험을 시작한다.