리코는 강등당해 화성에 배치되니 연합은 벌레들의 행성을 공격하려고 움직인다. 하지만 벌레는 화성을 기습하려고 하니, 리코와 신병그룹은 벌레들로부터 화성을 지켜야 한다.

버그들의 공격으로 우주기지를 빼앗기자, 대원들은 생존자 구출을 위해 임무에 투입된다. 행방불명된 존웨이든호를 찾아 수색에 나서지만, 이미 버그의 여왕에 점령되어 버렸고, 버그의 여왕은 존웨이든호를 몰고 지구로 향하는데...

2022년 LA, 타이렐사는 넥서스 8을 시장에 내놓을 준비를 한다. 넥서스 8은 인간과 비슷한 자연수명을 지닌 특별판. 그러자 인간 우월주의 운동이 일어나고 성난 군중들은 레플리컨트를 색출하고 살해한다. 레플리컨트인 트리시에도 이들의 공격을 받지만 전직 군인이었던 이기가 구해준다. 이기는 트리시에와 함께 타이렐사의 레플리컨트 데이터 베이스를 없앨 계획을 세운다.

외계인 연합체 코버넌트군과 인류의 싸움을 기록한 우주 대서사시. 수백 년 후, 미래. 외계 연합체인 코버넌트군은 자신들에게 새로운 생명을 가져다 줄 것이라 생각되는 유적을 찾기 위해 전 우주를 배회하면서 자신들의 앞 길을 막아서는 문명과 종족들에 대해서는 무차별적인 파괴를 일삼는다. 이런 일련의 과정을 묵묵히 지켜보던 연합계 영웅 슈퍼 솔저 마스터 치프는 코버넌트군의 최종 목적이 전 우주의 말살을 위해 고리형 행성인 ‘헤일로’를 발동시킬 것이라는 사실을 알게 된다. 이제 마스터 치프는 상상을 초월하는 코버넌트군에 맞서 치열한 전투를 벌이며 인류의 새로운 구세주로 떠오르게 된다.