쇼 나오토, 바바 잇페이, 이노우에 유카는 컴퓨터에 관심이 많은 중학교 2학년 학생으로, 부모님이 인테리어 가게를 운영하는 잇페이네 집 지하에 연구실을 만들어 컴퓨터 '정크'를 연구하고 있었다. 한편 동급생인 토도 타케시 역시 컴퓨터에 관심이 많으나 음침한 성격에 컴퓨터에만 박혀사는 성격으로 유카를 좋아하고 있었다. 타케시는 편지를 전달할 기회를 위해 유카의 집 컴퓨터를 해킹하게 되고 이때 이차원세계에서 도망온 마왕 칸디지파가 나타나 타케시를 세뇌하고 그의 부정적인 성격을 이용해 컴퓨터 괴수를 만들어 컴퓨터 세상을 지배하려 한다. 컴퓨터 세상의 위기를 안 세 사람 앞에 칸디지퍼를 쫓아온 하이퍼 에이전트가 등장하고 그는 잇페이가 그린 CG 그리드맨에 융합하게 되며 3인의 친구는 그리드맨과 함께 싸울 것을 다짐한다.