2,500년 전 인도, 코살라국과 마가다국은 갠지스강의 지배권을 놓고 전쟁 중이었고, 히말라야 기슭의 조그만 왕국인 샤카국 역시 코살라국의 계속된 공격을 받는다. 전쟁에 말려든 사람들은 고통 속에서 샤카국을 구원할 후계자의 탄생을 갈망했고 그들의 소원을 이루어주기라도 하듯 새로운 왕위를 이을 왕자가 태어난다. 지상의 모든 생명체로부터 축복을 받으며 태어나, 「세상의 왕이 될 것이다」라는 예언을 받은 그의 이름은 싯다르타. 사람들의 고통과 죽음에 대해 번민하는 청년으로 성장한 싯다르타는 무엇 하나 부족할 것 없는 자신의 신분을 버리고 자신을 번민하게 하는 것들에 대한 답을 찾기 위해 멀고 먼 여행을 떠나는데...

교토에 사는 내향적인 중학생 텐도 준은, 뜻밖의 일로 1200년 이전의 헤이안 시대에 타임슬립해 버린다. 거기에는 사람들이 두려워하는 '귀신'이라는 존재가 있었다. 준은 스님인 켄도에 의해 이끌려, 귀신과 싸우는 동안 귀신의 정체를 알게 되고 또한 자신의 출신 경위를 알게 된다. 그리고 진정으로 싸워야 할 상대가 누구인가를 깨달은 준은, 귀신들과 함께 목숨을 건 싸움을 건다.

포켓몬 사상 최초 [불꽃], [물] 쌍방 타입을 가진 환상의 포켓몬 볼케니온의 등장! 인간을 싫어하는 포켓몬 볼케니온은 우연히 여행하는 지우와 친구들과 만나게 되고 갑자기 나타난 이상한 고리로 지우와 묶여 떨어질 수 없는 사이가 되어버린다! 결국 볼케니온 그리고 지우와 친구들은 함께 모든 것이 기계로 이루어진 기계장치의 왕국인 아조트왕국으로 향하게 된다. 한편, 아조트왕국의 대신 자비스는 500년 전 왕국에서 태어난 환상의 포켓몬 마기아나를 납치하고 마기아나가 가진 ‘소울하트’라는 미지의 힘으로 왕국을 지배하려고 하는데... 지우와 친구들은 볼케니온과 힘을 합쳐 소울하트를 지켜낼 수 있을까? 지금, 포켓몬 역사상 가장 뜨거운 배틀이 시작된다!