2059년, ‘마크로스 프론티어’는 미지의 생명체 ‘바쥬라’의 공격을 받고 치열한 사투를 벌인다. 그로부터 몇 개월 후, 란카 리는 스타가 되어가고 셰릴 놈은 마지막 목표를 향해 나아간다. 사오토메 알토는 발키리 파일럿으로 성장하지만, 이들의 평화로운 일상은 오래가지 않는다.

중학교 시절, 스스로 ‘다크 플레임 마스터’라 부를 정도로 심각한 ‘중2병’을 앓았던 ‘유타’는 자신의 흑역사를 모두 정리하고 새로운 마음으로 고교 생활을 시작한다. 하지만 등교 첫날부터 그의 앞에 한쪽 눈을 안대로 가린 ‘릿카’가 등장해 난데없이 입 밖으로 꺼내기도 민망한 ‘유타’의 과거를 떠벌리며 당황하게 만든다. ‘유타’는 직감적으로 ‘릿카’가 ‘중2병’에 걸려있음을 알게 되고 되도록 그녀를 피해보려 하지만 동급생인 것은 물론 이웃사촌인 둘은 계속해서 얽히게 된다. 함께 하는 시간이 많아질수록 서로에 대해 조금씩 알아가게 되고, 결국 서로에 대한 마음도 점차 깊어지는데...

시냅스에서 떨어진 귀엽고 섹시한 엔젤로이드들과 동거하고 있는 토모키는 그야말로 평범한 평화주의자다. 그 중 최강의 엔젤로이드인 이카로스는 토모키를 마스터로 섬기고 있다. 아무런 감정 없이 토모키에게 절대 복종을 하던 이카로스는 어느날 부턴가 토모키에게 적극적으로 구애를 하는 다른 엔젤로이드들에게 질투를 느끼기 시작한다. 그리고 잃었던 기억이 돌아오면서 충격적인 기억을 떠올리게 된다. 이런 이카로스의 마음을 눈치 채지 못한 토모키. 그는 이카로스가 웃지 않는 이유를 자유롭지 않기 때문이라고 오해하여 더이상 자신에게 순종할 필요가 없다고 선언, 주종관계를 이어주던 사슬을 풀어준다. 하지만 이로 인해 이카로스는 더욱 큰 고민에 빠지게 된다. 사랑을 시작한 엔젤로이드. 또 그녀를 특별히 아끼는 토모키. 이와 연결된 시냅스의 운명. 최후의 이야기가 지금 시작된다.

토모키를 오랫동안 짝사랑하던 히요리는 큰 마음을 먹고 자신의 마음을 토모키에게 고백한다. 그러나 그의 대답을 들으러 가는 길에 히요리는 사고로 죽게 된다. 히요리는 토모키가 보고 싶은 마음에 자발적으로 엔젤로이드가 돼, 제타라는 이름으로 다시 지상에 내려온다. 하지만 제타는 이미 적에게 세뇌 당한 엔젤로이드. 그녀는 토모키를 죽이라는 마스터의 명령을 받아 자신이 살던 마을을 파괴한다. 다른 엔젤로이드들이 히요리를 적으로부터 구해내려고 노력하지만, 그럴수록 제타의 폭주는 그칠 줄 모르는데…. 과연 엔젤로이드들은 무사히 히요리를 구할 수 있을까?

그린 리버즈 엔터테인먼트는 센다이에서 활동하는 약소예능프로덕션. 하지만 마지막 소속 탤런트가 빠져나가고 사장인 탄게는 다음 수로서 아이돌 유닛을 결성하기로 결심한다. 탄게의 억지에 거리로 나가 스카우트를 시작한 매니저 마츠다는 공원에서 혼자 노래를 읊조리는 소녀와 만난다....

2009년 3월 29일 무도관에서 펼쳐졌던 라이브 이벤트. 주요 출연진을 비롯해 소지로 역의 히라마츠 히로카즈, 카나타 역의 시마모토 스미 등 조연들도 총출동했으나, 미유키 역의 엔도 아야는 스케줄때문에 출연하지 못했다. (비디오로만 등장) 사회는 시라이시 미노루와 콘노 히로미가 담당하였으며 실제로 홍백가합전처럼 홍팀과 백팀으로 나뉘어서 실시하였다.

‘유타’와 ‘릿카’의 공동생활이 계속되던 어느 날. 릿카의 언니 ‘토카’는 대학 진학이 위태로운 릿카를 데리고 이탈리아로 이주하겠다고 선언한다. 이대로라면 두 사람은 헤어지고 만다. 둘을 걱정한 친구들은 사랑의 도피를 제안하는데… ‘중2병이라도 사랑이 하고 싶어!’ 이제 막 펼쳐지는 그들의 사랑과 미래, 그 최종장!