세계 최고의 실력을 가진 CIA 특수요원 터크(톰 하디)와 프랭클린(크리스 파인). 서로를 위해 목숨도 내놓을 수 있는 절친한 친구 사이지만 동시에 로렌(리즈 위더스푼)을 좋아하게 되면서 둘의 우정은 순식간에 금이 간다. 최고의 CIA 요원답게 서로의 만남을 방해하기 위해 최첨단 기술력을 총동원, 감시와 도청으로 로렌의 환심을 사려던 두 사람은 급기야 자동차 폭파와 비행기 공중 분해까지 불사하며 한 나라를 통째로 집어삼킬 만큼 거대한 전쟁으로 치닫게 된다. 동시에 로렌 역시 서로 상반되지만, 충분히 매력적인 두 사람 중 누구를 선택해야 할지 혼란스럽기만 한데...

1988년 도쿄. 히어로 만화를 좋아하는 8살 소년 제이크는 야쿠자 조직 밑에서 몸을 파는 엄마가 오야붕과 그의 아들 토시오(시이나 깃페이)의 손에 숨지는 것을 눈앞에서 목격한다. 그로부터 27년이 흐른 미국 캘리포니아. 감옥에서 나온 제이크(토니 쉬에나)에게 인터폴인 라피크(아맨드 아상테)가 다가와 도움을 청한다. 라피크는 그의 조기 출소를 도왔다며 야쿠자 조직에게 납치된 자신의 딸 르네를 구해달라고 부탁한다. 제이크는 처음에 라피크를 무시하지만 그 야쿠자 조직이 바로 자신의 엄마를 죽인 자들임을 알고 복수를 위해 부탁을 수락한다. 그리고 조직에 침투할 목적으로 토시오의 골칫거리 아들 시게루(이쿠시마 쇼)에게 접근해 그의 신임을 얻는데.

포드 브로디는 어렸을 때에 일본 내 원자력 발전소에서 방사능 피폭사고로 어머니를 잃는다. 15년 후 포드의 아버지 조는 사고의 원인이 자연재해가 아닌 다른 것이라고 믿고 계속해서 조사를 하지만 금지구역에 들어갔다가 결국 포드와 함께 붙잡히게 된다. 비밀 연구소로 옮겨진 그들은 정부가 감추고 있던 괴생명체의 고치를 보게 되고, 때마침 고치에서 부화한 무토는 그곳을 빠져나가 인간들의 도시를 파괴하며 난동을 부리기 시작한다. 한편 무토가 뿜어내는 신호를 듣고 거대한 괴수가 쓰나미를 일으키며 나타나는데...

제2차 세계대전이 발발하고 중립을 지키던 미국은 1941년 크리스마스를 몇주 앞둔 12월 7일 일본으로부터 진주만 습격을 당한다. 이후 전 세계를 향한 일본의 야욕이 거세지고, 역사상 최대 규모의 미국 본토 공격을 계획한다. 군은 진주만 다음 일본의 공격 목표가 어디인지 암호를 해독하기 위해 애쓰고, 동시에 긴박하게 전열을 정비해 나간다. 가까스로 두 번째 타겟이 미드웨이라는 것을 알아낸 미국은 반격을 준비하지만, 절대적으로 불리한 상황에 놓이고 마는데...