나른한 여름 오후, 언니가 읽어주는 역사 얘기를 들으며 졸고 있던 꼬마 소녀 앨리스는 하얀 토끼가 뛰어가는 걸 보고 뒤를 쫓아간다. 토끼 구멍 속으로 따라 들어가 보니 그곳은 완전히 신비한 세계다. 작은 문의 손잡이는 말을 하고, 테이블 위의 약병을 마시니까 앨리스는 병속에 들어 갈 정도로 아주 작아져서, 자기가 흘렸던 눈물의 파도를 타고 열쇠 구멍을 지나간다. 앨리스가 도착한 곳에서는 뱃사람 도도를 비롯한 한 떼의 무리가 파도치는 바닷가를 달리며 젖은 몸을 말리자는 노래를 부르고 있었다. 물 속에서 아무리 빙글빙글 돌아봤자 몸은 마르지 않는다고 얘기를 해 봐도 듣지 않는데...

행복하고 아름다운 웬디의 집. 그곳엔 상냥한 어머니와 듬직한 아버지, 귀여운 동생 존과 마이클, 그리고 온순한 개 나나가 살고 있다. 별이 밝게 빛나던 어느날 밤, 어머니와 아버지가 파티에 간 사이 웬디의 집에 꿈의 섬에서 고아들과 함께 살고 있다는 피터팬이 찾아온다. 피터팬은 얼마 전 웬디의 방 창문을 기웃거리다가 나나에게 빼앗긴 그림자를 찾으러 온 것이었다. 남몰래 숨어들어 그림자를 찾아내려 했지만, 요리조리 도망치는 그림자를 잡으려다 오히려 웬디에게 들키고 만다. 피터팬의 그림자를 꿰매어준 인연으로 피터와 웬디, 존, 그리고 마이클 모두는 부푼 가슴을 안고 꿈의 섬을 향해 날아가게 된다.

퐁고와 퍼디는 모피광 크루엘라로부터 99 마리 강아지를 구출해 낸 뒤에 주인 로저 부부의 사랑을 받으며 런던 집에서 행복한 나날을 보내고 있다. 그러나 로저 부부는 런던의 좁은 집에서는 101 마리 달마시안을 더 이상 키울 수 없다는 판단을 내리고 시골 농장으로 이사를 결심하게 된다.99마리 강아지 중 썬더볼트 TV시리즈를 가장 좋아하는 패치는 악당을 물리치는 정의의 사자인 썬더볼트를 만나는 것이 가장 큰 꿈이다. 그러던 중 썬더볼트가 런던에서 오디션을 개최한다는 이야기를 듣고 기뻐하지만, 그 기쁨도 잠시 오디션을 개최하는 날이 바로 이사가는 날이기 때문이다. 크게 낙심한 패치는 잠을 이루지 못하고 다음날 아침까지 늦잠을 자게 되는데, 가족들은 그만 패치를 남겨둔 채 시골 농장으로 이사를 떠나고 만다. 패치는 자신을 두고 가버린 가족들에게 섭섭해 하며, 자신은 그저 99마리 강아지 중 하나일 뿐이라며 우울해 한다. 그리고 마침 썬더볼트 오디션에 참가하는 차를 따라서 썬더볼트를 만나러 오디션 장으로 떠난다. 한편, 집행유예로 풀려난 크루엘라는 점박이 무늬만을 그리는 화가 라스를 만나면서, 그의 그림에 영감을 불어 넣어야 한다며 달마시안 강아지들을 납치해서 모피를 만들 계획을 세운다. 크루엘라는 마침내 로저 부부가 패치를 찾아 런던으로 떠난 사이에 98마리 강아지들을 납치한다. 이 사실을 알게 된 패치는 썬더볼트에게 도움을 청하고 그와 함께 형제들을 구출하러 모험을 떠나는데.....