콩과 보호자들은 정착할 수 있는 곳을 찾아 특별하고 강력한 유대감을 형성하고 있는 지아와 함께 여정을 떠나게 된다. 그러던 중 지구 파괴를 위한 회심의 날을 휘두르는 고질라와 마주하게 되고, 보이지 않는 힘에 의해 맞붙게 된 두 전설의 대결은 지구 깊은 곳에 도사린 수수께끼의 시작에 불과할 뿐이었는데…

두 타이탄의 전설적인 대결 이후 할로우 어스에 남은 콩은 드디어 애타게 찾던 동족을 발견하지만 그 뒤에 도사리고 있는 예상치 못한 위협에 맞닥뜨린다. 한편, 깊은 동면에 빠진 고질라는 알 수 없는 신호로 인해 깨어나고 푸른 눈의 폭군 스카 킹의 지배 아래 위기에 처한 할로우 어스를 마주하게 된다. 할로우 어스는 물론, 지구상에도 출몰해 전세계를 초토화시키는 타이탄들의 도발 속에서 고질라와 콩은 사상 처음으로 한 팀을 이뤄 반격에 나서기로 하는데…