스물 한 살의 토오루는 평범한 미대생이지만, 비밀스런 사랑을 진행 중이다. 그의 연인은 아오야마의 번화가에 있는 셀렉트샵의 오너이자 유명 CF기획자의 아내로 세련되고 고급스러운 삶을 살아가는 마흔 한 살의 시후미. 3년 전, 두 사람은 처음 만났던 그 순간 사랑에 빠졌고, 그때부터 토오루에게 시후미는 삶의 전부가 되어버렸다. 라흐마니노프, 그레이엄 그린 등 시후미가 좋아하는 것들에 둘러싸여 토오루는 온종일 그녀의 전화만을 기다린다. 토오루가 사랑에 모든 것을 거는 반면, 토오루의 친구 코지는 연상의 유부녀를 즐겨 사귀는 귀여운 바람둥이. 마음이 통하지 않는 남편과 까다로운 시어머니와의 생활에 불만을 가지며 살아가던 서른 다섯 살의 유부녀 키미코와 만나면서 마냥 재밌어 한다. 키미코 역시 진지함은 없지만, 웃음과 위안을 주는 코지와의 만남에 점점 집착하게 되고, 시간이 흐를 수록 과감한 애정행각도 서슴지 않는다. 그런 그녀의 모습에 때로는 당황하면서도 코지는 쉽사리 그녀를 떠나지 못한다. 어느 날, 둘만의 밀월여행을 떠난 시후미와 토오루. 예기치 못한 누군가의 방문으로 이별은 서서히 그들 앞에 다가오기 시작하고.. 코지의 여자친구로부터 키미코는 충격적인 말을 듣게 되는데..

가면라이더를 사랑해주신 당신에게. 토키와 소고와 키류 센토의 세계에 이변이 일어났다. 마치 딴사람으로 바뀐거처럼 동료들이 서서히 기억을 잃어가는 것이었다. 거기다 두 사람 앞에 나타난 슈퍼 타임재커 티드. 그는 어나더 덴오와 어나더 W이라는 강력한 부하를 내세워 1명의 소년, 신고를 추적하고 있었다. 신고를 지키려는 싸움속에서 소고는 가면라이더를 좋아하는 청년 아타루와 만난다. 한편, 티드에게 혼자 도전한 센토는 세뇌당해 조종당하고... 강대한 적을 앞에두고 신고를 구하려한 소고 일행이었지만 그러던중 아타루가 어느 고백을 한다. "가면라이더는, 현실의 존재가 아냐" 그는 수수께끼의 이매진 후타로스와 몰래 계약하고 있었다. 그 말의 진의란 대체? 왜, 언제부터 가면라이더는 허구(픽션)의 존재가 되버린걸까? 의문이 깊어지던 중 소고와 센토가 쫓던 티드는 초대 헤이세이 가면라이더 탄생의 땅. 쿠로가오카 유적지에 있었다. 당신의 기억속엔 그들은 살아있을까?

멀지않은 미래의 어느 나라. 세계는 인류의 진화형인 오르페녹이 만든 조직 '스마트 브레인'에게 완전히 통치되며, 대부분의 인류가 오르페녹으로 진화하였다. 수천명 정도밖에 남지 않은 인간들은 폐허같은 거주구에 몰려서 오르페녹에게 위협받는 날들을 견뎌내고 있었다. 그런 상황에 반역하는 일부의 사람들이 '인간해방군'을 결성, 현 상황을 뒤집을 수 있는 유일한 수단으로 스마트 브레인이 가지고 있는 2개의 '제왕의 벨트'를 빼앗는 것. 하지만 힘의 차이가 압도적이라 패배의 횟수만 늘어나고 있을 뿐이다. 그 와중, 마지막까지 희망을 버리지 않고 레지스탕스 활동을 계속하는 해방군의 상징 소노다 마리는 인류에게 도움을 주는 키바 유우지를 포함한 3명의 오르페녹과 함께 행방을 알수 없는 구세주 '파이즈' 이누이 타쿠미의 귀환을 믿고 있었다. 하지만 스마트 프레인의 총공격 직전까지도 이누이의 소식은 도달하지 않고 있었다. 해방군의 리더 미즈하라와 해방군에서 유일하게 오르페녹과 대등하게 싸울 수 있는 쿠사카 마사토 일행은 마리의 말은 일절 듣지 않고 독자적인 행동을 반복하고 있었다. 이런 상황에서 해방군은 희망을 잃고 비참한 상황에 빠져들고 있었다. 마리는 사람들에게 희망을 주기위해 가면 무도회를 열기로 결심한다. 그 준비를 하며 매일 인류해방군의 희망을 북돋아주려 하지만, 제왕의 벨트를 장착한 '가면라이더 사이가' 레오와 라이오트루퍼 부대의 습격에 의해 마사토를 포함한 수많은 사람들이 목숨을 잃는다. 중지되어버린 무도회의 회장에 나타난 것은, 기억을 잃고 소녀 미나와 함께 떠돌아다니던 이누이 타쿠미였다.

검객의 아들로 태어나 13살부터 검술을 연마해온 ‘무사시’. 어느 날, ‘요시오카’ 가문에 도전장을 낸 그는 가문의 당주와 검술 시합을 펼쳐 가뿐히 승리를 거머쥔다. 며칠 후, 가문의 차남 ‘덴시치로’와도 겨루게 된 ‘무사시’. 불리한 상황이었지만 ‘덴시치로’를 검으로 베고 2연패에 성공한다. 이에 화가 난 ‘요시오카’ 가문은 급기야 어린 당주를 데려와 ‘무사시’와 말도 안되는 재대결을 펼치도록 하는데…

소노다 마리는 키쿠치 케타로의 조카 죠타로, 카이도 나오야, 그리고 어느 새 돌아온 쿠사카 마사토와 함께 '서양세탁소 키쿠치'를 운영하면서 오르페녹을 비호하고 있었다. 한편, 정부에 의해 기업 재생된 스마트 브레인은, 오르페녹의 섬멸을 목표로 하는 기업으로 변모했고, 키타자키가 회사를 이끌고 있었다. 어느 날, 쫓기는 오르페녹을 구하기 위해 쿠사카와 카이도는 가면라이더 카이자와 스네이크 오르페녹이 되어 섬멸대 대장 쿠루미 레나/가면라이더 뮤즈와 교전. 그곳에 나타난 것은 몇 년 전 마리 일행 앞에서 사라진 이후 실종됐던 이누이 타쿠미였다. 타쿠미는, 이전과는 다른 모습의 파이즈 · 가면라이더 넥스트 파이즈로 변신해, 스마트 브레인사의 첨병으로서, 그 힘을 사용하기 시작했다...! 넥스트 파이즈에게 공격을 받아 혼란하는 마리 일행. 타쿠미는 왜 스마트 브레인에 있는가? 지금까지 무엇을 하고 있었는가? 파란을 머금은 그들의 재회는 오르페녹과 인류를 둘러싼 새로운 이야기의 서막에 불과했다.